Mathématiques subaquatiques

Une image dessinée par l’IA, avec un « prompt » personnel !



Trop souvent, un petit cafard ou un irrépressible chagrin étreint le lecteur achevant de parcourir un livre avant de le ranger dans sa bibliothèque. Ce fut le cas pour « Les génies des mers » de Bill François [1] aux éditions Flammarion, livre dans lequel ce jeune biophysicien, naturaliste et écrivain plein d’humour (oui, oui, tout ça !) nous raconte des histoires extraordinaires et nous explique les compétences stupéfiantes des habitants du monde du silence, dont il révèle en passant qu’il est un monde plutôt bruyant !  Nous y reviendrons probablement dans un prochain article.

Une des histoires extraordinaires racontée Bill François est celle du mathématicien Alan Turing, génie au destin tragique, qui conceptualisa un algorithme mathématique, la réaction-diffusion, pour expliquer les motifs (rayures, celles, taches) des robes des poissons ou du pelages des mammifères. Voici ce qu’il nous dit : 

En 1952, le mathématicien anglais Alan Turing, un des pères fondateurs de l’informatique, réfléchissait intensément au monde vivant. Il cherchait à expliquer par la science l’émergence des motifs observés dans la nature. Pour cela, il eut une idée plutôt originale : il imagina que les cellules portant les pigments colorés sur la peau des animaux se comportaient comme des proies et des prédateurs, les unes cherchant sans cesse à dévorer les autres. 
Tous les Hurons vous le diront : dans les forêts du Canada, les années se suivent mais ne se ressemblent pas. Il y a des années à lynx et des années à lièvres. En l’absence de prédateurs, c’est la proie qui abonde. Puis, fort de l’abondance des proies, le prédateur revient petit à petit. Il se met à proliférer et à dévorer les lièvres, jusqu’à ce que sa proie régresse à nouveau. Et ce cycle éternel se perpétue, année après année, depuis des temps immémoriaux. Au fil des ans, des zones peuplées majoritairement de lièvres et d’autres infestées de lynx se déplacent, au fur et à mesure des mouvements des populations animales, et forment. . . des motifs!  L’idée inspira Turing : et si les couleurs sur la peau d’un animal faisaient entre elles comme les lynx et les lièvres de la baie d’Hudson?
Ainsi, au cours de la croissance d’un animal, les couleurs qui apparaissent puis se diffusent sur sa peau se livreraient à une prédation sans merci. La couleur prédatrice dévorant la couleur proie, et la couleur proie nourrissant la couleur prédatrice, il s’instaurerait, comme dans un écosystème, un équilibre entre les différentes teintes. Et ces dernières se répartiraient sur la peau de la bête selon des motifs. Des ilots où les couleurs « proies» prospèrent en paix, des zones our les couleurs « prédateurs » abondent, des frontières entre les deux… Voilà comment se formeraient rayures, ocelles et taches. Turing prédit que ce mécanisme était à l’œuvre dans la peau des animaux. Il postula que celle-ci devait comporter des entités colorées qui jouaient le rôle de proies et d’autres celui de prédateurs, et que leurs interactions formeraient les dessins qu’arbore la faune : les stries du zèbre, les pois des panthères…
C’était là pure supposition. Mais Turing y croyait fermement. Selon lui, en interagissant comme des proies et des prédateurs, les couleurs pouvaient dessiner tous ces motifs. De fait, une autre invention du grand homme, l’informatique, corrobora quelques décennies plus tard son hypothèse. On simula par des calculs numériques le phénomène qu’il avait imaginé. Il suffisait de saisir les paramètres régissant le système – la voracité des « prédateurs », la fécondité des « proies », la taille de la peau de l’animal -, puis l’ordinateur calculait le résultat et affichait les dessins obtenus. Stupeur : selon les valeurs des paramètres apparaissaient à l’écran des taches, des rayures, des ocelles, des mailles… bref, tous les motifs du règne animal, au grand émerveillement de la communauté scientifique internationale.

Un article  [2] précise  : 
Alan Turing ne prétend pas qu’il s’agit du seul mécanisme possible de morphogenèse, ni même qu’il est effectivement à l’œuvre dans tel ou tel système vivant – il est conscient du manque de preuves expérimentales. Son but est davantage de proposer un mécanisme plausible et de montrer tout ce qu’il permet déjà d’expliquer, malgré sa simplicité. Il souligne que le modèle est une « simplification » et une « idéalisation » et par conséquent, une « falsification », mais il fait la pétition de principe que les quelques mécanismes retenus sont effectivement les mécanismes dominants.
…/…
Il a fallu quarante ans avant que les premières structures de Turing soient mises en évidence expérimentalement. Il faut en effet des situations assez particulières où le coefficient de diffusion de l’espèce inhibitrice est beaucoup plus grand que celui de l’espèce activatrice. Il est possible que le mécanisme proposé par Alan Turing ne fournisse qu’un principe directeur de la formation des motifs observés chez les êtres vivants et que d’autres mécanismes plus fins et plus spécifiques s’y ajoutent. En effet, la similitude des motifs observés ne fournit pas la preuve que le mécanisme proposé par Alan Turing est réellement à l’œuvre. Ce piège de l’analogie se rencontre par exemple avec la structure en bandes d’un embryon de drosophile, tout à fait similaire à une structure de Turing mais où, comme l’a montré John Maynard Smith, chaque bande est en fait contrôlée individuellement par un mélange de morphogènes qui lui est spécifique. Pour obtenir des arguments supplémentaires en faveur d’un mécanisme de Turing ou pour le rejeter, on étudie les défauts et la réponse à des perturbations, par exemple la régénération ou non des motifs lors de la cicatrisation après une blessure. Cette étude permet de mieux révéler les mécanismes à l’œuvre et de préciser le niveau auquel ils entrent en jeu lors de l’embryogenèse ou bien en continu lors de la croissance de l’animal.

Un article du Muséum National d’Histoire Naturelle [3] complète les développements en apportant un peu de complexité (c’est de la biologie, hein !) : 
Si la proposition de Turing a mis du temps à être mise en évidence chez un être vivant – le poisson-zèbre dans les années 90, depuis une vingtaine d’années de nombreux exemples sont décrits régulièrement. En vrac, les rides de votre palais, la formation de vos doigts, les rayures du poisson-zèbre ou les pois de la fleur de Mimulus, les motifs des vaisseaux racinaires des plantes sont tous des exemples de structures produites par des « systèmes de Turing ».
On soupçonne en fait cette famille de systèmes d’être apparue des centaines de fois au cours de l’évolution, et d’intervenir dans toutes sortes de processus biologiques.
Briser les symétries pour créer des motifs de couleurs répétés
Les systèmes de Turing sont-ils les seuls moyens retenus au cours de l’évolution pour peindre les espèces vivantes ? Cela serait surprenant, car certains motifs répétés ne correspondent pas tout à fait aux caractéristiques de ceux produits par Turing, en particulier concernant la périodicité ou la géométrie des motifs, comme par exemples les taches des dalmatiens.

Une récente publication [5] propose pas moins de sept mécanismes expliquant la formation de motifs colorés répétés chez les eucaryotes — Turing(-like), automate cellulaire, multi-induction, fissuration physique, aléatoire, neuromusculaire et impression — et six modificateurs de motifs, agissant en synergie avec ces mécanismes primaires pour améliorer le spectre des motifs de couleurs répétés.

Les motifs, souvent spectaculaires qui ornent les coquilles des palourdes, cônes, et autres coquillages artistes, pour la plus grande joie des collectionneurs, relèvent d’un autre modèle mathématique, celui des automates cellulaires. Mais c’est là une autre histoire que Bill François dans son livre [3], et Jean-Paul Delahaye dans son article [6]nous ’expliquent avec talent.

On savait qu’il était sous la surface des mers et des océans des artistes et des architectes brillants, mais qui eût cru qu’il existât aussi des mathématiciens, maîtrisant la réaction-diffusion et les automates cellulaires ? 

Quoi qu’il en soit, ne ratez pas la vidéo ci-dessous. Elle explique bien le principe de réaction-diffusion, en anglais, certes, mais sous titré.

Bibliographie

  1. Turing, A.M. The chemical basis of morphogenesis, Bltn Mathcal Biology 52, 153-197 (1990)
  2. Alan Turing, les motifs et les structures du vivant. Voir ici
  3. Les génies des mers. Bill François. Ed. Flammarion
  4. D’où viennent les rayures et les autres motifs des animaux ? Muséum National d’Histoire Naturelle
  5. Les sept façons dont les eucaryotes produisent des motifs colorés répétés sur les tissus externes.Pierre Galipo, Catherine Damerval, Florian Jabbour 
  6. L’algorithme des coquillages. Jean-Paul De la Haye

Silence, je marche !


Quand un paysage se tait, c’est qu’il y a un problème ! [5]

Après avoir randonné dans un lieu connu ou inconnu, les marcheurs racontent volontiers, les yeux pétillants, la beauté des paysages traversés, la munificence du coucher de soleil, les couleurs du chardonneret ou l’élégance du chevreuil croisés au hasard d’un chemin. Plein la vue !

Notre cerveau pourtant mobilise cinq sens (la vue, certes, mais aussi l’ouïe, l’odorat, le goût et le toucher) pour appréhender son environnement et prendre ses décisions. Il semble cependant que les randonneurs ne sollicitent que la vue, négligeant le toucher, l’odorat, le goût et surtout l’ouïe.

Les marcheurs apprécient les caresses du vent sur le visage et pestent contre le froid qui engourdit leurs mains, leurs pieds et leurs oreilles (toucher). Ils apprécient les délicates senteurs florales du printemps, le pétrichor (cette odeur  si spéciale de la terre après la pluie), et ils protestent quand ils passent devant une porcherie (odorat). À la belle saison, ils savourent avec gourmandise les cerises grappillées sur les basses branches ou les mûres délicatement dérobées au roncier (goût).

Je n’ai jamais rencontré aucun randonneur qui m’ait vanté le moindre émerveillement sonore après une balade dans la nature, fut-il guitariste, clarinettiste ou chanteur marin ! Des 5 sens énumérés plus haut, l’ouïe semble être le « sens interdit » ⛔️ des marcheurs. Qu’importent les sons, au diable les silences, semblent-ils nous dire! D’ailleurs, le randonneur est volontiers bavard et ses papotages rendent vaines toutes les tentatives d’écouter la nature !

Pourtant, quel plaisir que celui de marcher, sans bruit, en se laissant envahir par l’ambiance sonore du paysage traversé : le doux chuintement du vent dans les arbres, le chant des oiseaux dans le sous-bois, la furie des vagues s’écrasant sur la côte rocheuse ou caressant la plage de sable fin, le vrombissement des insectes, et, suprême délice, le tambourinement de la pluie sur les feuilles.

Finalement, un paysage ne serait-il pas plus beau si l’observateur, mobilisant ses 5 sens, prenait la peine de l’examiner dans ses multiples dimensions, visuelle certes mais aussi sonore ?

L’idée m’est donc venue d’organiser une randonnée furtive, qui consisterait à parcourir dans un silence monacal et en ouvrant grand ses oreilles, divers milieux (village, plaine, bois ou forêt, bord de mer ou ruisseau) susceptibles de nous offrir de nombreux émerveillements sonores. 

C’est la lecture d’un intéressant ouvrage, intitulé «  Histoire naturelle du silence » qui inspira cette idée. L’auteur invite à la contemplation des paysages sonores et distingue les sons de la « géophonie » produits par la planète (le vent, la pluie, les ruisseaux, les vagues, les chutes de pierre)  les sons de la « biophonie »  (générés par les animaux comme les mammifères, les oiseaux ou les insectes) et les sons de « l’anthropophonie » produits par Homo sapiens et qui, parfois plaisants (chants, musique, cloches), sont cependant souvent des bruits, volontiers déplaisants et perturbateurs (moteurs, avertisseurs, sirènes… )

Je laisse le mot de la fin à Bernie Krause, docteur en bioacoustique à l’Union Institute & University de Cincinnati : « Tandis qu’une image vaut mille mots, une image sonore vaut mille images ».

Pour aller plus loin, quelques ressources passionnantes :

  1. Histoire naturelle du silence. Jérôme Sueur
  2. La voix du monde naturel. Conférence TEDx de Bernie Krause
  3. La géophonie, à l’écoute des sons de la Terre. Muséum National d’Histoire Naturelle
  4. La géophonie, ou la musique de la Terre. France-Inter
  5. Biophonie : écoutez la grande symphonie du vivant. Géo.fr
  6. La musicalité du vivant et ses curiosités. Nourritures terrestres
  7. Quand un paysage se tait, c’est qu’il y a un problème. Le Temps

Stupéfiants champignons !

© Michel Arnould – 2023


Ce matin, nous avions rendez-vous en forêt de Coëtquen pour une sortie naturaliste organisée par l’antenne Rance-Émeraude de l’association Bretagne-Vivante, et intitulée sobrement : « A la découverte du règne des Fungi ». 

Trois experts naturalistes se mirent à la disposition des 40 personnes présentes. Par un temps radieux et délicieusement frais, bercés par le chant des merles, des mésanges et des sittelles, tandis que se levaient les premiers rayons d’un soleil automnal illuminant d’or et de cuivre les frondaisons des arbres qui chuintaient dans le vent, nous écoutâmes, passionnés, un premier exposé sur la biodiversité, et les menaces qui pèsent sur elle, du fait des activités humaines. 

Puis on nous expliqua (ou on nous rappela) que les champignons ne sont pas des plantes. 

Le taxon « champignon » est devenu ambigu et considéré par la science actuelle comme obsolète car il ne désigne pas un groupe monophylétique. Il a en effet été divisé en eumycètes, oomycètes, chytridiomycètes et mycétozoaires. Les cellules des mycètes sont, pourvues d’une paroi chitineuse ou cellulosique et se nourrissent par l’absorption des molécules organiques directement dans le milieu. Les cellules des champignons sont dépourvues de chlorophylle et de plastes; ces organismes sont donc dits hétérotrophes pour le carbone ; en effet, on distingue les organismes capables de fabriquer leur propre matière à partir de carbone atmosphérique, (les autotrophes) et les hétérotrophes, qui utilisent de la matière organique pour fabriquer la leur. Le pissenlit est autotrophe, grâce à la photosynthèse, quand le renard est hétérotrophe.

Les champignons n’appartiennent donc pas au règne des plantes. Leur appareil végétatif est un thalle : ce sont donc des thallophytes qui adoptent un mode de vie filamenteux (l’ensemble des filaments appelés hyphes formant le mycélium). 

Présents dans le registre fossile depuis 450 millions d’années, soit le Silurien, ils ont colonisé presque tous les milieux terrestres et même aquatiques en eaux douce, saumâtre et même marine (1500 espèces au moins, qui ont un rôle écologique important ; via des symbioses avec des algues parfois).

Après ces explications phylogénétiques, on nous expliqua l’anatomie du champignon (des champignons que l’on observe le plus fréquemment, s’entend) et ses éléments caractéristiques : la volve, le pied, l’anneau, les lames et enfin le chapeau. Il nous fut rappelé que les champignons que nous voyons ne sont que les organes reproducteurs (on les nomme sporophores) du mycélium, qui dispose ses réseaux sous-terrains sur des dizaines de kilomètres, que les lames, sous le champignon produisent les spores dispersées par le vent pour assurer la reproduction !

Pour identifier les champignons il faut suivre une démarche rigoureuse, basée sur des clés d’identification permettant de réduire, au fil du cheminement diagnostique, le nombre de possibles puis, in fine, ne conserver qu’un nom. Il faut rappeler qu’il ne saurait être question de faire une collecte de champignons à des fins culinaires avec la seule aide de ces clés. Seules une longue expérience et une pratique assidue permettent d’identifier correctement les champignons sans risque d’erreur.

Une longue balade en forêt, dans différents biotopes (forêt d’épineux, forêt de feuillus, prairies) permit de récolter, d’observer et admirer de très nombreux spécimens, de formes et de couleurs variées, souvent superbes, que les experts présents se firent un plaisir d’identifier : bolets, cortinaires, russules, coprins, entolomes, inocybes et lactaires ! Rien de moins !

Ce fut une bien jolie balade. La nature est généreuse pour qui sait prendre le temps de l’admirer !

Une petit anecdote pour terminer : saviez-vous que le plus grand être vivant du monde est un champignon et qu’il se nomme Armillaria solidipes. Le plus grand spécimen mesure 8,9 km2 . Situé dans l’Oregon aux États-Unis, il est âgé de 2 400 ans.

BIBLIOGRAPHIE

  1. Guide des champignons – France et Europe. Guillaume Eyssartier & Pierre Roux. Voir ici
  2. L’origine du Monde. Marc-André Sélosse. Voir ici
  3. Chapeau, les champignons. Voir ici
  4. Les champignons redécouverts. Phillipe Silas & Fabienne Malagnac. Voir ici
  5. Le monde caché. Merlin Sheldrake. Voir ici

Loisirs et protection de la nature

c-monspot.fr : le site internet à découvrir !


Lors des sorties, ornithologiques, botaniques ou sur l’estran, il est fréquent que les naturalistes observent, un zeste irrités, des randonneurs, des kayakistes, des paddlers ou des cyclistes mettre en péril, par leur actions, la faune ou la flore de notre belle région. Il peut s’agir, par exemple, de marcheurs hors sentier écrasant les plantes pionnières, de kayakistes dérangeant les sternes en période de nidification, de cyclistes écrasant les œufs de gravelots, ou de chiens en liberté effrayant les oiseaux… 

c-monspot.fr  est un très intéressant site internet, imaginé et développé par des professionnels de l’Office Français de la Biodiversité. L’équipe à l’origine de son développement, est très jeune, et très féminisée. Son travail est très réussi. 

Sur nos côtes, oiseaux et mammifères marins cohabitent avec les hommes. C-monspot propose de découvrir comment pratiquer son activité sportive en préservant au mieux la biodiversité, et, pour ceux qui le souhaitent, en faisant un peu de science participative en même temps.

AU MENU DE C-monspot

On peut choisir la saison (printemps/été ou automne hiver) et la liste des spots sensibles s’adaptent (avec des erreurs d’intitulé, comme l’île du grand Chevreuil !) pour : 

  • Comprendre les aires marines protégées
  • Comprendre la notion de dérangement
  • Comprendre les espèces
    • Oiseaux hivernants
    • Oiseaux nicheurs
    • Phoques
  • Adapter sa pratique sportive avec des conseils (écrits ou en vidéo) sur :
    • Le dérangement des oiseaux
    • Le dérangement des phoques
    • Les bonnes pratiques d’éco-navigation
  • S’investir dans des actions de sciences participatives; participer à l’amélioration de la connaissance sur les espèces marines, en signalant ses observations aux organismes qui les étudient.

On peut aussi interroger le site sur les spécificités de son sport : 

On peut aussi interroger le site en fonction de la commune où l’on s’entraîne, mais ça fonctionne encore mal.

Ce site m’a permis de découvre quelques sites internet partenaires intéressants : 

  • ObsEnMer : Observations en mer, réseau d’observateurs et d’utilisateurs de données sur la faune marine et son environnement.
  • BioLit : Biodiversité du littoral : réseau d’observateurs citoyens sur le littoral qui propose aussi de l’identification participative et différents programmes de suivi accessibles à tous. Thèmes concernés : Algues, plantes, mollusques et crustacés, espèces invasives, déchets
  • Suricate : sentinelle des sports de nature

AU TOTAL

Il manque, à mon avis, un chapitre sur la protection de la flore, les piétinements intempestifs (dunes, bords de falaise) causant bien des dégâts. Néanmoins, c-monspot.fr est un site fort intéressant; encore en développement, ouvert aux suggestions, il mérite qu’on le fasse connaître. 

BIBLIOGRAPHIE

  1. Réglementation liée au dérangement des mammifères et des oiseaux marins en mer. Office Français de la Biodiversité.
  2. Etudier les effets des dérangements sur les oiseaux. Office Français de la Biodiversité
  3. Le dérangement de l’avifaune sur les sites naturels protégés de Bretagne : état des lieux, enjeux et réflexions autour d’un outil d’étude des interactions hommes/oiseaux. Thèse 2009. Nicolas Le Corre
  4. Effets des activités de loisirs sur les oiseaux. 2018. Vogelwarte.ch.

Des billes pour les débats sur le climat

Réchauffement climatique et biodiversité sont souvent synonymes d’échauffement des esprits et d’adversité. Comme beaucoup de sujets, à l’heure des réseaux sociaux, les débats sur les changements climatiques et la dégradation de la biodiversité sont souvent véhéments, parfois violents, et trop rarement argumentés.

« Le mal qui est dans le monde vient presque toujours de l’ignorance, et la bonne volonté peut faire autant de dégâts que la méchanceté si elle n’est pas éclairée »  écrivit Albert Camus, prix Nobel de littérature.

La nouvelle vient de tomber sur le téléscripteur de ma veille documentaire : le CNED (Centre National d’Enseignement à Distance) propose, à point nommé, une formation en ligne gratuite, parrainée par Jean Jouzel, et Valérie Masson-Delmotte, paléoclimatologues reconnus, intitulée « Le B.A.-BA du climat et de la biodiversité » qui, ainsi que l’explique le site,  permettra d’acquérir les connaissances fondamentales sur le changement climatique et la biodiversité. Ce travail est le fruit d’une collaboration entre des experts scientifiques reconnus et des experts en pédagogie numérique.

La formation est découpée en 5 chapitres : 

  1. Changement climatique
  2. Causes et atténuation
  3. Conséquences et adaptation
  4. Défi de la biodiversité
  5. Société et futurs

Pourquoi suivre cette formation ? Le CNED répond, tout de go : parce que la pédagogie est le prérequis à la prise de conscience et l’action.

Dans chaque module vous pourrez consulter des ressources (images, graphiques, vidéos, etc.) Chacune d’entre elles est accompagnée d’un numéro qui vous permettra de retrouver la référence dans la page «  Source (nouvel onglet)« , disponible dans le menu principal. La durée totale de la formation est de 7 heures.

Pour découvrir la formation : c’est ici qu’il faut cliquer

Que la force me soit donnée de supporter ce qui ne peut être changé et le courage de changer ce qui peut l’être mais aussi la sagesse de distinguer l’un de l’autre. (Marc-Aurèle)

Biodiversité en France en 2023

L’institut National du Patrimoine Naturel est le portail de la biodiversité et de la géodiversité françaises, de métropole et d’outre-mer. Émanation du Museum National d’Histoire Naturelle, son site internet mérite d’être visité régulièrement, pour ses actualités, ses documents et sa riche documentation.

L’INPN vient de publier un document de référence : 
«  100 chiffres expliqués pour tout savoir sur les espèces en France, édition 2023 »  

En le parcourant, émerveillés, les naturalistes bénévoles découvriront que leur travail d’inventaires et d’observations sur le terrain permet la production des synthèses interessantes dont on se plaît à croire qu’elles permettront d’éclairer les décideurs politiques.

J’ai été étonné d’apprendre en lisant ce texte que  : 

  • 104172 espèces (animaux, plantes, champignons, algues…) ont été recensées en métropole et 96629 en outre-mer. 
  • On dénombre plus de 700 espèces de macroalgues marines sur la façade Manche-Atlantique
  • En France métropolitaine, on dénombre plus de 25000 espèces de champignons réparties en plus de 500 familles, 5872 espèces de poissons, 14200 espèces de papillons, 10474 espèces de crustacés, 1769 espèces d’oiseaux, 23902 espèces de coléoptères, 19083 plantes à fleurs, 438 espèces de mammifères, etc. 
  • 633 nouvelles espèces sont décrites chaque année en France, 78% des nouvelles espèces décrites le sont dans les outre-mer
  • Chaque année, on découvre 2 000 nouvelles espèces marines dans le monde.

Bref, la lecture et l’archivage de ce document s’imposent !

De la très belle ouvrage !

Rois et reines du vivant

D’après Carl Woese, enrichi par G. Lecointre et H. Leguyader, P. Lopez-Garcìa et D. Moreira

Le récent couronnement du roi d’Angleterre, Charles III, a fait la une des journaux télévisés et des magazines. Mais le règne d’un Homo Sapiens paraît bien futile et bien dérisoire. L’Ecclésiaste se s’exclamait-il pas, il y a plusieurs siècles que « Tout n’est que vanité et poursuite de vent» ?

Quel profit l’homme retire-t-il des peines qu’il se donne sous le soleil ? Une génération s’en va ; une génération lui succède ; la terre cependant reste à sa place. Le soleil se lève ; le soleil se couche ; puis il regagne en hâte le point où il doit se lever de nouveau. Tantôt soufflant vers le sud, ensuite passant au nord, le vent tourne, tourne sans cesse, et revient éternellement sur les cercles qu’il a déjà tracés. Tous les fleuves se jettent dans la mer, et la mer ne regorge pas, et les fleuves reviennent au lieu d’où ils coulent pour couler encore. Tout est difficile à expliquer ; l’homme ne peut rendre compte de rien ; l’œil ne se rassasie pas à force de voir ; l’oreille ne se remplit pas à force d’entendre.
Ce qui a été, c’est ce qui sera ; ce qui est arrivé arrivera encore. Rien de nouveau sous le soleil. Quand on vous dit de quelque chose : « Venez voir, c’est du neuf », n’en croyez rien ; la chose dont il s’agit a déjà existé dans les siècles qui nous ont précédés. Les hommes d’autrefois n’ont plus chez nous de mémoire ; les hommes de l’avenir n’en laisseront pas davantage chez ceux qui viendront après eux.

Récemment je me suis abonné à l’excellente revue naturaliste « Salamandre », et après une sortie d’exploration sur l’estran, qui m’a beaucoup intéressé, j’ai décidé d’approfondir mes maigres connaissances sur le sujet par la lecture d’une série de 9 articles traitant spécifiquement des algues. Et c’est ainsi que j’ai découvert, dès le 1er chapitre, qu’il existait pas moins de 3 domaines et de 9 règnes dans la classification moderne du vivant, quand j’en été resté à mes cours de sciences naturelles, et à la classification traditionnelle de Linné (1735) qui reconnaissait deux règnes (végétal / animal) avec un doute sur la place des champignons, ni animaux, ni végétaux.

Trois domaines :
1. Les ARCHÉES : procaryotes unicellulaires avec histones, premiers unicellulaires apparus il y a 3 milliards d’années
2. Les BACTÉRIES : procaryotes unicellulaires sans histones
3. Les EUCARYOTES : organismes unicellulaires ou multicellulaires dont les cellules possèdent un noyau et des organites.

Archées et bactéries représentent 80% de la biomasse de la Terre !
Les eucaryotes sont divisés en 9 règnes (image ci-dessus) et on remarquera que les champignons et les animaux font partie du même règne, celui des Opisthocontes.

Merci à la Salamandre de ce résumé clair et concis sur le sujet complexe et un peu abscons de la taxonomie du vivant.

Stupéfiants oiseaux !


Allumons le feu dans les yeux des enfants (et des adultes aussi) !

Dans le but, certes un peu vaniteux, d’émerveiller mon petit-fils, j’ai décidé de me lancer dans une quête gourmande de chiffres étonnants. Les enfants, s’ils n’aiment pas vraiment le calcul pour la plupart, sont friands de chiffres, surtout, surtout, surtout s’il s’agit de chiffres de records. Si on s’y prend habilement, le silence se fait, les yeux brillent, les mâchoires de décrochent, et, alors, le Papi peut légitimement bomber le torse !

Décrire l’avifaune en chiffres est une tâche aisée à l’heure de l’internet. Pour ceux qui veulent passer pour des puits de science aux yeux de leur descendance, et permettre, conséquemment à ladite descendance de briller dans la cour de récréation, voici quelques chiffres, dont certains, vous le constaterez, décoiffent grave comme disent les jeunes ! 


D’aucuns prétendent que les oiseaux seraient apparus sur Terre avant nous, les humains…

Le plus ancien représentant connu du groupe apical des oiseaux (qui regroupe leur ancêtre commun et tous ses descendants, actuels ou non) est Asteriornis maastrichtensis, qui vivait (son nom l’indique auront remarqué les plus attentifs lecteurs) au Maastrichtien (66,8–66,7 millions d’années). Quatre lignées distinctes d’oiseaux ont survécu à l’extinction du Crétacé-Paléogène il y a 66 millions d’années, donnant naissance aux autruches et apparentés (Palaeognathae), aux canards et apparentés (Ansériformes), aux oiseaux terrestres (Galliformes) et aux oiseaux modernes (Neoaves). En comparaison, les plus anciens fossiles connus d’Homo sapiens sont vieux de seulement 300 000 ans ! Nous, Homo sapiens sapiens, sommes des gamins, à l’évidence trop turbulents : des garnements finalement  ! 
Pour en savoir plus…


Combien les oiseaux comptent-ils d’individus ?

  • Sur la planète : une équipe de chercheurs australiens estime qu’il y avait, en l’an de grâce 2021,  pas moins de 50 milliards d’oiseaux sur notre planète, se distribuant en 9700 espèces, 250 familles, et 41 ordres ! Source.
  • En France, la dernière évaluation est de 412 espèces d’oiseaux pouvant être observées.
  • En Bretagne l’ornithologue est susceptible de rencontrer par moins de 242 espèces différentes. (source)


Pour en savoir plus…


Combien de temps les oiseaux peuvent-ils survivre dans ce monde de brutes ? 

  • Chez les oiseaux sauvages, c’est un Albatros royal (Diomedea epomophora) qui détient le record du monde de longévité : 62 ans.
  • Cookie, Cacatoès rosalbin (Eolophus roseicapilla) domestique vécut quant à elle jusqu’à l’âge vénérable de 83 ans, ce qui fait d’elle l’oiseau ayant vécu le plus longtemps au monde. Mais dans son salon, elle n’était menacée ni par des prédateurs, ni par des chasseurs, ni par des câbles à haute-tension, ni par des éoliennes, ni par des aéronefs. Facile dans ces conditions de vivre longtemps, n’est-ce pas?!

Ce ne sont là, évidemment que des records, dans ce monde impitoyable, aux innombrables dangers où rôdent de redoutables prédateurs. Pour en savoir plus… 


Quelles distances les oiseaux migrateurs peuvent-ils parcourir en une année ? 

Les oiseaux sont de grands et d’infatigables voyageurs : La Sterne arctique (Sterna paradisaea) est , avec le Puffin fuligineux, l’oiseau qui réalise les plus longues migrations au monde; elle peut voler jusqu’à 38000 km/an et 800000 km au cours de sa vie (20 fois le tout de la planète !) .


Qui sont les oiseaux les plus riquiquis et les plus maousse costauds ? 

  • Le Colibri d’Elena (Mellisuga helenae), qui vit sur l’île de Cuba, détient le titre d’l’oiseau le plus léger du monde, pesant moins de 2 grammes. Le plus petit passereau de France est le Roitelet à Triple bandeau, (Regulus ignicapilla)qui pèse en moyenne 4 à 7 grammes.
  • L’Outarde kori (Ardeotis kori), qui vit en Afrique de l’est et du sud, est l’oiseau volant le plus lourd du monde, qui peut peser jusqu’à 19 Kg  !
  • L’Autruche d’Afrique (Struthio camelus) qui ne peut que courir, sans jamais voler,  est le plus gros oiseau de la planète, mesurant  2 mètres de haut et pesant jusqu’à moyenne 150 kg !

Qui fut le plus grand oiseau de l’Histoire ? (pas au sens de ses exploits, mais de sa taille !)

Le plus grand oiseau du monde qui ait jamais existé se nomme Pelagornis sandersi. Ses restes ont été trouvés en Argentine. Son envergure était de 7,5 mètres, et il devait peser entre 25 et 40 kg ! Pourtant il volait, s’élançant de sites élevés avant de planer. C’était il y a y a 25 millions d’années. 


Autre chose d’exceptionnel à signaler ?

Oui, le Martinet noir (Apus apus) : Excellent voilier, le martinet peut atteindre des vitesses de 200 km/h sur de courtes distances et passer 10 mois/an dans les airs sans se poser une seule fois. Source. Mais, d’aucuns prétendent que le Faucon pèlerin (Falco peregrinus) aurait été flashé à la vitesse faramineuse de 389 km/h en piqué ! source C’est de la folie !


Je résume : les oiseaux vivent sur la planète depuis 66 millions d’années. Les 50 milliards d’individus se distribuent en 9700 espèces, pèsent entre 2 grammes et 150 kilos, vivent entre quelques jours et plus de 80 ans, peuvent voler 38000 km en une année ou 10 mois sans se poser, ou à plus de 300 km/h. En outre, certains d’entre eux ont mesuré jusqu’à 7,5 m d’envergure !

Des chiffres qui donnent le tournis, non ? 

50 milliards d’oiseaux sur terre !


En novembre 2022, l’ONU estimait qu’il y avait 8 milliards d’Homo sapiens sapiens sur la Terre. C’est considérable !  Il y en avait 2 milliards en 1930 !

En parallèle, une équipe de chercheurs australiens estime qu’il y aurait sur notre planète par moins de 50 milliards d’oiseaux, répartis en 9700 espèces, 250 familles, et 41 ordres !

Notre planète compte donc 6 fois plus d’oiseaux que d’êtres humains ! 

Cette première estimation globale des populations aviaires à l’échelle de la planète est le fruit d’un travail qui a combiné des données de recensements et des modèles mathématiques. L’article sur lequel s’appuie cette information, est le suivant : 

Global abundance estimates for 9,700 bird species. Corey T Callaghan, Shinichi Nakagawa, William K Cornwell. Proc Natl Acad Sci USA. 2021 May 25;118(21):e2023170118. DOI: 10.1073/pnas.2023170118

L’infographie, remarquable, qui illustre ce travail est l’œuvre de Léa Desrayaud. Elle figure page 28 du numéro 2 d’excellente revue Epsiloon, datée d’août 2021. La distribution des oiseaux par famille est passionnante  !  Ce travail me laisse sans voix, je vous laisse l’admirer !

L’extraordinaire de l’estran ordinaire

© Michel Arnould


Il se prénommait Prosper. L’important n’était pas qui il était, ni comment il se nommait, mais bien ce qu’il faisait là, sur cette plage battue par le vent, à la basse mer. Les goélands argentés ricanaient en le regardant de haut, avec ses bottes et sa loupe, à l’évidence fort incongrues sur cette grève  ! 

Lorsque Prosper, donc, arriva sur l’estran pour une 3e exploration naturaliste, encadré par les experts et les animateurs de Bretagne Vivante, son oeil curieux  et vigilant ne manqua pas d’être immédiatement attiré, par les habitants pléthoriques des rochers (Balanes et Patelles) et par ceux de la plage, ces vers arénicoles (Arenicola marina) qui font d’étranges petites dépressions et petits tas de sable intriguant les enfants curieux venus bâtir des châteaux. 

Il fut ensuite fort ébaubi par l’enthousiasme des naturalistes qui, au détour d’une flaque, au fond d’une crevasse ou sous un rocher, découvraient un animalcule que nul béotien n’aurait jamais vu tout seul, avant de déclamer avec ferveur le nom scientifique (en latin bien sûr) de leur extraordinaire trouvaille : Colpomenia peregrina, Patella vulgata, Nucella lapillus, Corystes cassivelaunus, Elysia Viridis ! Bienvenue à tous !

L’élève estranologue comprit rapidement qu’il lui faudrait d’abord apprendre à regarder avec soin, à éduquer et entraîner son oeil, avec patience et opiniâtreté, pour découvrir les merveilles de ce microcosme, qui, à l’évidence ne se révèlent pas au premier venu, en tout cas pas au passant pressé.

Il comprit ensuite que l’identification de ces nombreux êtres vivants ne se ferait pas en un jour, ni en un mois ni même en une année. Il comprit aussi qu’il lui faudrait venir et revenir rendre visite, avec patience et assiduité, qu’il faudrait, finalement, aimer ce petit monde pour le bien appréhender ! Longue est la liste des embranchements visibles sur l’estran : la tâche de les connaître tous est incommensurable pour ne pas dire surhumaine !

Prosper accepta humblement et sagement son ignorance (sur ce sujet comme tant d’autres d’ailleurs) et décida, dans un lâcher prise admirable de se contenter d’admirer ces habitants de l’estran, leur éclectisme, leur richesse, et, souvent leur extrême beauté ! Et, le moins que l’on puisse dire est que Dame Nature se montra bien généreuse cette après-midi-là !

Il put admirer deux jolis coquillages, de la famille des mollusques :
1. La Pourpre petite pierre (Nucella lapidus) un carnivore qui se nourrit d’autres mollusques et de crustacés comme les balanes dans les parties moyenne et basse de l’estran; cette espèce, sensible à la pollution, est une espèce-sentinelle, utilisée comme bio indicateur en France par l’Ifremer notamment.
2 La Littorine des rochers (Littorina saxatilis) : joli petit gastéropode citron, herbivore, se régalant d’algues microscopiques à la surface des rochers (comme les diatomées), des fucus spiralés, des pelvéties et de divers détritus d’algues qu’il broute au moyen de sa radula râpeuse.

Chemin faisant, Prosper découvrit qu’il n’était nul besoin de voyager en Polynésie ou dans l’Océan Indien, pour rencontrer des récifs ! Certes les récifs qui se dévoilèrent au gré du jusant, n’avaient rien de coralliens, mais tout de même ! Les Hermelles (Sabellaria alveolata) sont des vers marins, long de quatre centimètres, tubicoles, capables de produire des « pseudorécifs », dont certains, en baie du Mont-Saint-Michel sont remarquables comme en atteste ce document remarquable.

Dans une petite flaque d’eau de mer, illuminée fort à propos par les rayons du soleil, Prosper put admirer une belle anémone de mer (Anemonia viridis), animal de l’embranchement des Cnidaires, classe des Zoantharia et ordre des Actinaria, aux bras vert émeraude en proximal et  violets en discal, fort élégants dans le courant, mais volontiers urticants si on les touche. Il se contenta, sagement, de les observer et prit garde de ne pas les toucher.

Soudain, brisant l’harmonie du bruit des vagues et du vent conjugués, un naturaliste héla véhémentement la petite troupe, manifestement excité par une jolie découverte ! Un Crabe masqué !  (Corystes cassivelaunus) Corystes présente la particularité d’avoir joint ses deux antennes en une espèce de schnorchel lui permettant de « respirer » une fois enseveli sous le sable où il se cache, en marche arrière et avec brio ! Apprendre l’étymologie du nom scientifique de de crustacé instilla un soupçon de de mystère à cette étonnante découverte :  Corystes vient du grec et signifie « armer », quand le nom d’espèce, cassivelaunus, est le nom latinisé par César d’un glorieux chef de Grande-Bretagne. Quand l’histoire rejoint la science naturaliste !

Mais l’émerveillement le plus marquant de cette sortie — le croirez-vous ? — fut cette première rencontre de Prosper avec Elysia viridis : une limace de mer vert émeraude, fort jolie au demeurant, et à la physiologie stupéfiante! Jugez donc : Elysia viridis, limace suceuse de sève, est une espèce de limace de mer verte de petite taille, un mollusque gastéropode opisthobranche marin de la famille des Plakobranchidae. Cette limace de mer ressemble à un nudibranche, mais elle n’est pas étroitement liée à ce clade de gastéropodes. Il s’agit plutôt d’un sacoglosse. Elle vit dans la zone intertidale et jusqu’à une profondeur d’environ 5 m et elle peut atteindre une longueur totale de 30 mm. Son corps est lisse, vert ou brun brillant, avec des taches iridescentes et deux ailes qui s’étendent sur les côtés. Une limace ailée ! Premier étonnement !
Notre ami Proper resta bouche bée quand on lui expliqua que cet animal vit dans une relation « endosymbiotique subcellulaire avec des chloroplastes » fournis par une algue. Cela mérite une petite explication : Elysia mange de l’algue Codium fragile. Les chloroplastes de cette algue sont ensuite intégrés à l’intérieur des cellules de la limace… dans un état fonctionnel… donnant à Elysia, un animal, des capacités de photosynthèse ! (On parle de kleptoplastie). Une limace ailée capable de photosynthèse ! Qui eût cru cela possible ?

Décidément, l’estran ordinaire recèle bien des mystères et des merveilles extraordinaires !

Affaire à suivre, à l’évidence !

Plant atlas 2020 : L’inventaire qui décoiffe !

Au Royaume-uni 🇬🇧, la nouvelle version — datée de 2020 — du « Plant Atlas » (Atlas botanique) vient de sortir, inventaire exhaustif de la flore britannique, dressé grâce à 26 millions de données patiemment et savamment collectées pendant 20 ans par 8500 naturalistes bénévoles.

Le document est en anglais: voici la traduction en français (réalisée par mes soins) du résumé de ce travail colossal et fort instructif tant pas les données collectées que par l’évolution de ces dernières depuis 1950.


Les plantes sont essentielles à la survie de l’homme, mais nous les considérons souvent comme banales. Heureusement, en Grande-Bretagne, nous avons une communauté florissante de botanistes qui ne se contentent pas d’apprécier les fleurs sauvages, mais passent du temps à inventorier les endroits où elles poussent.  Cette tradition remonte au XVIe siècle et, grâce aux efforts de ces botanistes, la Grande-Bretagne possède l’une des flores les mieux étudiées au monde.

Depuis les années 1950, la Botanical Society of Britain and Ireland (BSBI) est le moteur de la botanique dans la région. Elle a été la première à utiliser la « cartographie à densité de points » et a coordonné des enquêtes nationales extrêmement marquantes sur les plantes à fleurs et les fougères dans les années 1950 et 1990. 

Le travail de terrain nécessaire pour la rédaction del’Atlas des plantes 2020, la troisième enquête de ce type, s’est déroulé entre 2000 et 2019 et est le plus complet jamais entrepris, impliquant plus de 8 500 bénévoles qui sont sortis par tous les temps pour inventorier les plantes à fleurs, les fougères et les charophytes présentes dans la quasi-totalité des 3 893 mailles de 10 × 10 km qui couvrent la Grande-Bretagne et l’Irlande. Les résultats ont été publiés sur un site web et dans un livre en deux volumes.

Le présent rapport fournit un résumé de l’étude Plant Atlas 2020 pour la Grande-Bretagne ; un rapport séparé est disponible pour l’Irlande. Au cours de cette enquête, les volontaires ont effectué 178 000 journées d’enregistrement et soumis plus de 26 millions d’enregistrements. Ce faisant, ils ont enregistré 3 445 espèces végétales différentes, dont 1692 sont indigènes à la Grande-Bretagne et, surtout, 1753 non-indigènes qui ont été délibérément ou accidentellement introduites dans la nature par l’homme. Cette découverte surprenante signifie qu’il y a aujourd’hui plus de plantes introduites qui poussent dans la nature en Grande-Bretagne que de plantes indigènes, dont beaucoup proviennent de jardins et se répandent ensuite pour établir des populations autonomes.

La comparaison des résultats de l’Atlas des plantes 2020 avec ceux de ses prédécesseurs montre que la répartition des espèces a changé depuis les années 1950 ; le plus frappant est que l’on estime que les aires de répartition connues de 53% de toutes les plantes indigènes et de 62 % des introductions anciennes (connues sous le nom d’archéophytes) ont diminué, tandis que les aires de répartition connues de 58% des introductions modernes (connues sous le nom de néophytes) ont diminué. Les raisons de ces changements sont complexes, mais le facteur le plus important pour les espèces dont on estime qu’elles ont décliné depuis les années 1950 a été la perte et la conversion d’habitats semi-naturels causées par des changements dans l’utilisation des sols. L’intensification des cultures arables, qui a conduit à un déclin substantiel de nombreuses plantes associées à l’agriculture, est la principale cause de ces changements.

 De même, les plantes des prairies et des landes qui poussent sur des sols infertiles ont subi un déclin marqué en raison de la conversion de leurs habitats en terres arables ou en prairies agricoles plus productives, et nombre d’entre elles ont également disparu à la suite de la réduction ou de l’élimination du bétail et de la succession subséquente de prairies hautes, de broussailles ou de zones boisées. Le drainage des habitats humides, tels que les prairies de fauche humides et les marais de pâturage, les tourbières et les marais, a également eu un impact sur de nombreuses espèces, en particulier dans les basses terres où les pressions exercées par l’agriculture et une population humaine croissante ont été les plus fortes. De nombreuses plantes des plans d’eau, des rivières et des canaux ont également régressé, principalement en raison de l’eutrophisation causée par le ruissellement des nutriments provenant des terres agricoles, mais aussi en raison des perturbations accrues causées par les activités humaines.

En comparaison, la répartition des plantes associées aux zones boisées est restée relativement inchangée, bien que certains spécialistes des zones plus ouvertes aient régressé en raison de l’arrêt de la gestion traditionnelle telle que le taillis. Les espèces des forêts de conifères ont augmenté en raison de l’expansion considérable de la sylviculture commerciale, ce qui a entraîné le déclin des plantes spécialistes des landes et des tourbières, en particulier dans les régions montagneuses du nord et de l’ouest de la Grande-Bretagne.

D’une manière générale, les plantes des habitats des hautes terres ont connu des changements de répartition moins graves que celles des basses terres, bien que de nombreux spécialistes des landes et des tourbières aient décliné en raison du brûlage, du drainage, du surpâturage et de la déforestation. Les espèces qui poussent à haute altitude dans les montagnes ont pour la plupart conservé leur répartition, bien que le surpâturage par les moutons et les cerfs ait restreint de nombreuses plantes arctiques-alpines à des corniches inaccessibles ; le déclin de certaines plantes montagnardes associées à des plaques de neige suggère que certaines espèces réagissent également aux changements écologiques provoqués par le changement climatique, plus particulièrement à la réduction de la couverture neigeuse et à l’augmentation de la concurrence.

Dans l’ensemble, trois grandes tendances se dégagent des changements décrits ci-dessus :

  • Les plantes indigènes adaptées à des conditions infertiles et à une faible concurrence, ainsi que les introductions anciennes (connues sous le nom d’archéophytes) associées aux terres cultivées, ont connu les déclins les plus importants depuis les années 1950. Cela est dû en grande partie aux modifications des pratiques agricoles, même si l’eutrophisation due à d’autres sources humaines, telles que la pollution atmosphérique, a dû également jouer un rôle.
  • Certaines espèces méridionales ont étendu leur aire de répartition vers le nord au cours des dernières décennies, tandis que certaines espèces septentrionales à la limite méridionale de leur aire de répartition en Grande-Bretagne ont reculé. Ces deux tendances sont en corrélation avec le réchauffement de notre climat, et plus particulièrement avec des hivers plus doux ; les plantes distribuées au sud survivent plus au nord en raison de la réduction de la fréquence et de la sévérité des gelées hivernales, tandis que certaines plantes distribuées au nord se retirent vers des terrains plus élevés en raison de la réduction de la couverture neigeuse et de la concurrence accrue avec des plantes aimant davantage la chaleur à des altitudes plus basses.
  • Un nombre croissant d’introductions modernes (connues sous le nom de néophytes) s’établissent dans la nature en Grande-Bretagne, dans certains cas avec l’aide du changement climatique. Bien que la majorité d’entre elles soient des ajouts bénins aux flores locales, un petit nombre d’entre elles sont devenues envahissantes, perturbant le fonctionnement des écosystèmes et supplantant les espèces indigènes.

Si les tendances générales pour la Grande-Bretagne sont claires, il existe de nettes différences dans la manière dont la répartition des plantes a évolué en Angleterre, au Pays de Galles et en Écosse. Sans surprise, les changements les plus marqués ont eu lieu en Angleterre, où les pressions exercées par les activités humaines ont été les plus fortes, en particulier dans les régions de plaine. 

  • Ces pressions ont été moins ressenties au Pays de Galles en raison de la plus grande étendue relative des habitats de montagne gérés de manière extensive. Par conséquent, de nombreux déclins sont moins prononcés et, dans certains cas, des augmentations de la répartition des espèces ont été observées, ce qui va à l’encontre des tendances observées dans d’autres parties de la Grande-Bretagne. 
  • En Écosse, les résultats sont plus mitigés

L’Atlas des plantes 2020 est une réalisation étonnante qui met en évidence le rôle crucial des bénévoles dans l’approfondissement des connaissances et de la compréhension de la flore britannique. Le message général est clair : notre flore indigène a beaucoup diminué par rapport à la situation enregistrée par nos prédécesseurs dans les années 1950.

Il est besoin d’un plan d’action holistique pour inverser ce déclin afin que la flore puisse être restaurée et s’épanouir au profit de la génération actuelle et des générations futures. Les éléments présentés ici seront essentiels pour contribuer à l’élaboration de ce plan de conservation des plantes, qui devrait se concentrer sur le renforcement de la protection des zones riches en espèces, l’extension de la zone d’habitat de haute qualité disponible pour les plantes et les autres espèces sauvages, et la réduction des pratiques néfastes d’utilisation des sols. Mais le plus important est de mettre les plantes au cœur des initiatives de conservation.

Planifier et gérer toutes les mesures de conservation en gardant les plantes à l’esprit permettra non seulement d’inverser les déclins, mais aussi d’apporter des avantages plus larges à d’autres espèces sauvages et à la reconstitution de la nature en général. Ces mesures doivent s’accompagner d’une surveillance et d’une recherche plus efficaces et, surtout, d’un travail de sensibilisation au rôle vital que jouent les plantes dans notre vie quotidienne.

Voici les rapports résumés sur l’Angleterre et sur l’Irlande.
Les cartes interactives du site valent également le détour !
Bonne lecture !

Le crépuscule des petites bêtes ?

La presse grand public publie régulièrement d’inquiétants articles sur la disparition imminente des insectes au sens large, ou des pollinisateurs, ou des papillons. Et d’insister sur les graves retentissements que cela aurait sur l’avifaune, sur l’agriculture, et bien d’autres calamités !  Les sources scientifiques de ces articles, quand elle existent, sont souvent de faible niveau de preuve.
Les insectes sont-ils vraiment menacés ? 
Le sont-ils tous ? 
Dans l’affirmative, quelle sont la nature et l’intensité de ces menaces sur l’entomofaune ?
Verrons-nous bientôt la 11e plaie d’Egypte ?


Une amusante étude anglaise a tenté de répondre à cette question. 
La méthode est analogue au « phénomène du pare-brise », terme donné à l’observation anecdotique selon laquelle les gens ont tendance à trouver moins d’impacts d’insectes sur le pare-brise de leur voiture aujourd’hui que par le passé. L’enquête se déroule chaque été et implique des investigateurs bénévoles du Royaume-Uni qui enregistrent le nombre de traces d’insectes sur la plaque d’immatriculation de leur véhicule après un trajet,  une fois enlevés les insectes résiduels des trajets précédents.
Dans ce rapport, le nombre d’insectes échantillonnés sur les plaques d’immatriculation des véhicules en 2019 (n = 519 trajets dans le Kent), en 2021 (n = 3212 trajets dans tout le pays), et en 2006 (n = 3 000 trajets dans tout le pays). = 3212 trajets dans tout le pays) et 2022 (n = 4140 trajets dans tout le pays) sont comparés aux résultats d’une enquête nationale utilisant cette méthodologie et menée par la RSPB (« Big Bug Count ») en 2004 (n = 14320 trajets).
La conclusion de l’étude semble sans appel : par rapport à 2004, les résultats montrent une diminution du nombre d’éclaboussures d’insectes au Royaume-Uni de 63,7%, soit 5,3% de plus qu’en 2021 (58,4%).

Néanmoins, les auteurs mettent en garde  les lecteurs contre des biais potentiels à leur travail mais la tendance semble réelle !
« Ces résultats sont cohérents avec les tendances à la baisse des populations d’insectes largement rapportées par d’autres, et pointent un besoin persistant de recherche, de politique et de pratique de préservation ciblées sur les insectes au Royaume-Uni. Cependant, cette étude est basée sur des données de moyenne qualité, et par conséquent, nous interprétons ces changements avec prudence. La variation inter-annuelle d’une série de facteurs non mesurés qui pourraient influencer l’activité ou l’abondance des des insectes volants, comme les records de 2022, pourraient influencer de manière significative les observations. Pour tirer des conclusions solides sur les tendances à long terme des populations d’insectes au Royaume-Uni, les scientifiques doivent recueillir des  données sur plusieurs années, sur de longues périodes et sur de grandes échelles spatiales. 


Les naturalistes semblent d’accord sur un point : les fluctuations du nombre d’insectes sont souvent importantes d’une année sur l’autre, en fonction des épisodes de sécheresse ou d’inondations, de la durée de l’ensoleillement, du gel, etc. Beaucoup d’études sur l’évolution dans le temps de l’avifaune sont controversées, produites par des associations et pas des universités, reposant sur des données fragiles et des méthodologies peu robustes…

Désireux d’en apprendre davantage, j’ai fait une petite recherche documentaire  et j’en ai retenu 2 articles


1er article(en 🇬🇧) de la revue Nature (dont on ne peut nier le sérieux) est le suivant : Robust evidence of declines in insect abundance and biodiversity .

Les résultats montrent clairement un déclin substantiel de l’abondance des arthropodes et de la biodiversité.  Les prairies ont été particulièrement touchées : la richesse en espèces  d’arthropodes a chuté de 34 % au cours de la période de suivi, et la biomasse et le nombre d’arthropodes enregistrés ont chuté de 67% et 78% respectivement. Ces déclins ont été particulièrement importants dans les paysages où prédominent les terres agricoles, suggérant que la gestion des cultures pourrait être à l’origine de cette baisse. Les pertes parmi les les arthropodes vivant dans les forêts étaient moins marqués en comparaison, avec une baisse de 36 % de la richesse en espèces, une perte de 41 % de la biomasse et aucun aucun déclin de population statistiquement significatif. 


Voici la conclusion du 2e article (toujours en 🇬🇧) : Worldwide decline of the entomofauna: A review of its drivers.

La biodiversité des insectes est menacée dans le monde entier. Nous présentons ici un examen complet de 73 rapports historiques sur le déclin des insectes dans le monde entier, et nous évaluons systématiquement les facteurs sous-jacents. Notre travail révèle des taux de déclin dramatiques qui pourraient conduire à l’extinction de 40% des espèces d’insectes dans le monde au cours des prochaines décennies. Dans les écosystèmes terrestres, les lépidoptères, les hyménoptères et les bousiers (Coleoptera) semblent être les taxons les plus touchés, tandis que quatre grands taxons aquatiques (Odonata, Plecoptera, Trichoptera et Ephemeroptera) ont déjà perdu une proportion considérable d’espèces. Les groupes d’insectes touchés comprennent non seulement des spécialistes qui occupent des niches écologiques particulières, mais aussi de nombreuses espèces communes et généralistes. Parallèlement, l’abondance d’un petit nombre d’espèces augmente ; il s’agit d’espèces généralistes adaptables qui occupent les niches laissées vacantes par les espèces en déclin. Parmi les insectes aquatiques, les généralistes de l’habitat et du régime alimentaire, ainsi que les espèces tolérantes aux polluants, remplacent les importantes pertes de biodiversité enregistrées dans les eaux des zones agricoles et urbaines. Les principaux facteurs de déclin des espèces semblent être, par ordre d’importance : 1. la perte d’habitat et la conversion à l’agriculture intensive et à l’urbanisation ; 2. la pollution, principalement celle causée par les pesticides et les engrais de synthèse ; 3.  les facteurs biologiques, notamment les agents pathogènes et les espèces introduites ; et 4.  le changement climatique. Ce dernier facteur est particulièrement important dans les régions tropicales, mais n’affecte qu’une minorité d’espèces dans les climats plus froids et les milieux montagneux des zones tempérées. Il est urgent de repenser les pratiques agricoles actuelles, notamment en réduisant fortement l’utilisation des pesticides et en les remplaçant par des pratiques plus durables et écologiques, afin de ralentir ou d’inverser les tendances actuelles, de permettre le rétablissement des populations d’insectes en déclin et de sauvegarder les services écosystémiques vitaux qu’ils fournissent. En outre, des technologies d’assainissement efficaces devraient être appliquées pour nettoyer les eaux polluées dans les environnements agricoles et urbains.

Mais ce travail lui-même est remis en question par d’autres chercheurs (en 🇬🇧): 
Insect decline and its drivers: Unsupported conclusions in a poorly performed meta-analysis on trends—A critique of Sánchez-Bayo and Wyckhuys (2019)


Ma conclusion est la suivante : des faisceaux d’indices concordants laissent à penser que les populations d’insectes sont en déclin dans le monde entier, mais la nature et l’intensité de ce déclin restent à évaluer ! Ce qui ne dispense pas d’agir dès à présent, au contraire !

BIBLIOGRAPHIE

  1. Y-a-t-il une crise des insectes, notamment pollinisateurs ? Pr Emmanuelle Porcher, 18 avril 2023
  2. The bugs matter.
  3. Worldwide decline of the entomofauna: A review of its drivers. Francisco Sánchez-Bayo a, Kris A.G. Wyckhuys
  4. Insect decline and its drivers: Unsupported conclusions in a poorly performed meta-analysis on trends—A critique of Sánchez-Bayo and Wyckhuys (2019)

Chapeau, les champignons !

Le 9 février, à Saint-Lunaire, une conférence fort intéressante fut proposée au grand public par la Communauté de Communes Côte d’Émeraude, qui avait pour thème : « Découverte des champignons et de leurs écosystèmes. » avec M. Pascal PEUCH, président de la Société Mycologique de Rennes.
Le sous-titre en était alléchant : « À la fin de cette présentation, vous ne direz plus « la faune et la flore », vous ajouterez en bonne place: « la fonge ».

Voici ce que j’ai retenu de cet exposé, didactique et humoristique !

L’être vivant le plus grand du monde est un champignon : Armillaria solidipes. Le spécimen le plus grand découvert mesurait 8,9 km2 et était situé dans l’Oregon aux États-Unis. Il a été estimé qu’il était vieux de 2400 ans. L’être vivant le plus lourd du monde est Pando : une colonie d’arbres située dans l’Utah, aux États-Unis. Elle est considérée comme l’organisme vivant le plus lourd et le plus âgé de la planète, avec un poids estimé à 6 000 tonnes et un âge de 80 000 ans.

Règnes animal, végétal… et fongique

Les champignons, ne sont ni des animaux, ni des végétaux !

  • La paroi des champignons est constituée de chitine, molécule que l’on retrouve chez les insectes et les crustacés (constituant essentiel de leur carapace),  quand la paroi des végétaux est constituée de cellulose.
  • Les champignons stockent leur énergie sous forme de glycogène, comme les animaux (chez l’homme par exemple, le glycogène est la réserve de sucre « prête à l’emploi » de l’organisme, il est stocké dans le foie et les muscles squelettiques) ; les végétaux, quant à eux, stockent leur énergie sous forme d’amidon)
  • Les champignons sont des organismes hétérotrophes pour le carbone, c’est-à-dire qu’ils doivent se nourrir de matière organique puisée dans leur milieu, car ils ne savent pas la fabriquer eux-mêmes, contrairement aux végétaux qui, grâce à la photosynthèse, élaborent leur propre matière organique (sucres) à partir du dioxyde de carbone de l’air et de l’eau du sol.
  • Les champignons sont capables de dégrader des molécules complexes pour en tirer du carbone et de l’énergie, alors que les végétaux ne savent utiliser que des molécules simples.

Les champignons sont, en quelque sorte,  des tunneliers: leurs hyphes se développent, se multiplient et, ainsi leurs filaments microscopiques se développent en longueur, fusionnent avec d’autres entités de même espèce pour créer un réseau sous terrain très étendu. Ce qu’on appelle couramment « champignon » n’est en fait que la « fructification » temporaire et visible, le sporophore d’un organisme à caractère plus durable et plus discret, le macromycète, dont la structure habituellement filamenteuse constitue le mycélium, formé de filaments invisibles à l’œil nu lorsqu’ils sont isolés. 

Les champignons sont des chimistes très compétents, producteurs d’enzymes permettant de casser les molécules complexes (cellulose, lignite, etc) pour en extraire les sucres (hydrates de carbone), sources d’énergie. Ils sont également producteurs d’antibiotiques les protégeant ainsi que leurs hôtes symbiotiques des attaques bactériennes.

Ils peuvent être autonomes, parasites ou symbiotes.

Les champignons ne possèdent pas la capacité qu’ont les plantes de synthétiser leur propre nourriture grâce à l’énergie solaire. Ils sont dépourvus de cette chlorophylle, qui permet aux végétaux de capter l’énergie lumineuse produite par le soleil et de fabriquer des sucres à partir du carbone présent dans l’air (photosynthèse). Pour cette raison, les champignons ont dû développer des modes de vie particuliers : la symbiose, le saprophytisme et le parasitisme. 

  • La symbiose : Un grand nombre de champignons qui croissent sur le sol en forêt sont intimement liés aux arbres par symbiose. Cette association, nommée mycorhize, se fait entre les extrémités des racines d’un arbre et l’appareil végétatif d’un champignon. La mycorhize bénéficie aux deux organismes en cause : il s’agit d’un échange d’éléments nutritifs, l’un fournissant à l’autre ceux qu’il ne peut synthétiser ou extraire du sol par ses propres moyens. De façon générale, le champignon aide l’arbre à puiser des éléments minéraux et de l’eau dans le sol; en échange, l’arbre fournit des sucres au champignon.
  • Le saprophytisme : est un autre mode de vie important chez les champignons. C’est le cas des espèces qui croissent sur les pelouses, le bois pourri, les excréments, etc. Dans ce cas, le rôle joué par le champignon est la décomposition. Il digère la matière organique et permet ainsi aux éléments nutritifs de retourner à la terre.
  • Le parasitisme des champignons peut être de plusieurs types, allant de l’espèce qui attaque un hôte (arbre, plante, insecte…) en pleine santé, puis vit à ses dépens sans le tuer, jusqu’à celle qui ne cause du tort qu’à un hôte déjà malade et qui par conséquent, hâte la mort de ce dernier. Les espèces parasites sont surtout des champignons microscopiques.

Deux types de symbiose existent entre les champignons et les végétaux : 

  • Ectomycorhize : Symbiose de type mutualiste entre la racine d’une plante et une colonie de champignons, les hyphes de ces derniers s’infiltrant entre les cellules racinaires.
  • Endomycorhize : Symbiose entre la racine d’une plante et une colonie de champignons, les hyphes de ces dernierss’infiltrant à l’intérieur de la cellule végétale.

90% des végétaux ne pourraient se nourrir sans les champignons  qui donnent de l’eau, des sels minéraux et des nutriments aux végétaux, en échange de quoi les végétaux  fournissent des sucres aux champignons des sucres. Seuls les Brassicaceae (famille des choux) ont perdu cette capacité symbiotique et s’alimentent seuls dans un sol riche. 

Les champignons au service de l’Homme 

Le formidable équipement enzymatique des champignons les rend très importants pour l’homme qui  valorise ces organismes dans des domaines très variés : 

  • biodépollution, recyclage (matières plastiques,  colorants  industriels,  pesticides,  toxines, métaux lourds, hydrocarbures…),  
  • production  industrielle : biocatalyse de polymères, blanchiment non polluant de la pâte à papier, production de biocarburants, produits alimentaires comme les arômes, produits fermentés, métabolites primaires ou secondaires et médicaments (Cordoba & Rios, 2012 ; Hofrichter, 2010 ; Golan-Rozen et al., 2011 ; Prasad et al., 2010 ; Zhang et al., 2015). 
  • Dans l’alimentation, il ne faut pas oublier que sans champignon, on ne pourrait pas  consommer d’alcool et de bière (Chebli, 2016), de pain, de fromage  (Saccharomyces cerevisiae, Penicillium roqueforti, Aspergillus oryzae, Mucor fuscus…).  
  • Pour les médicaments,  de nombreux  principes actifs sont  issus des  champignons ou obtenus grâce à leur intervention sur un précurseur. Citons par exemple des antibiotiques (pénicilline G issue  de Penicillium notatum, céphalosporines issues de Cephalosporium acremonium, acide fusidique issu de Fusidium coccineum),  des antifongiques  (griséofulvine issue  de P.  griseofulvum),  des hypocholestérolémiants (simvastatine  issue d’Aspergillus terreus),  des immunosuppresseurs  (ciclosporine  issue de Tolypocladium inflatum), des anticancéreux (paclitaxel issu de l’association de l’if et d’un champignon endophyte), des alcaloïdes ergoliniques dérivés  de l’ergot de seigle (Claviceps purpurea), des stéroïdes dont l’ergostérol,  précurseur  de la  vitamine D2  (Bakhtiari  et al., 2003 ;  Barreira et al.,  2014 ; Demain  & Zhang,  1998  ;    Heinig et al., 2013).

Quelques champignons célèbres : 

  • Sir Alexander Fleming fut le premier à démontrer que la moisissure Penicillium notatum synthétisait une substance antibactérienne ; il fut le premier à concentrer cette substance qu’il appela « pénicilline ». Il ne fut pourtant pas celui qui conduisit le développement de la pénicilline, ni le premier à utiliser ses propriétés chez l’être humain. C’est un cas emblématique de découverte faite par sérendipité. Source wikipédia
  • Penicillium roqueforti est une espèce de champignons ascomycètes saprophytes, très répandue dans la nature. Son principal usage fermier, artisanal ou industriel est la transformation laitière attachée aux fromages à pâte persillée comme le roquefort, la fourme d’Ambert, la fourme de Montbrison, le bleu d’Auvergne, le bleu des Causses, le bleu du Vercors-Sassenage, le bleu d’Élisabeth, le Blue Stilton, etc.  Source wikipédia
  • Penicillium camemberti est une espèce de champignons ascomycètes. Il est utilisé pour la fabrication du camembert et du brie. C’est lui qui produit la croûte du fromage faite de filaments blancs (moisissure). Ce champignon est également utilisé pour la préparation de camembert végétal (végane). Il peut également produire de l’acide cyclopiazonique, une mycotoxine dangereuse pour la consommation humaine et animale. Source wikipédia
  • Saccharomyces cerevisiae est une espèce de levures employée notamment dans la fermentation de la bière. Elle occupe une place particulière parmi les ferments, levains et levures utilisés depuis la Haute Antiquité : de nombreux peuples, tels que les Égyptiens, Babyloniens ou Celtes, l’utilisaient pour la fabrication de boissons fermentées, du pain, du kéfir, du vin et de la bière de fermentation haute. Cette espèce a été découverte, isolée et identifiée au milieu du xixe siècle par des brasseurs hollandais à la demande de la corporation des boulangers parisiens qui commençaient à industrialiser leur production et cherchaient pour leur pain un procédé de fermentation plus fiable et plus rapide que leur levain traditionnel. Ainsi dans ces domaines, certains mélanges de ses différentes souches sont appelés « levure de boulanger » et « levure de bière ». Source wikipédia 

Et les lichens ?

Les lichens, également appelés champignons lichénisés ou champignons lichénisants, résultent d’une symbiose permanente entre au moins un champignon hétérotrophe appelé mycobionte, et des cellules microscopiques photoautotrophes, possédant de la chlorophylle, nommées photobiontes. Ce sont des organismes composites. Le mycobionte est prépondérant dans la plupart des genres. Le photobionte s’appelle phycobionte lorsque le partenaire est une algue verte, cyanobionte ou bactériobionte lorsqu’il est une cyanobactérie. Les lichens sont classés dans le phylum des Fungi. La symbiose résulte d’une association, appelée lichénification ou lichénisation. L’inverse, c’est-à-dire une algue macroscopique hébergeant un champignon microscopique, est une mycophycobiose.

Les lichens vitvent souvent dans des endroits extrêmes : en haut des montagnes, sur les rochers du bord de mer, sur la lave refroidie, sur les toits brûlants…Les lichens sont aplatis ou barbus, jaunes, oranges, ou noirs ! On en connaît plus de  20 000 espèces. Le champignon protège l’algue. Il lui donne de l’eau et des sels minéraux. L’algue fabrique, par photosynthèse des sucres et d’autres produits, qu’elle partage avec le champignon. C’est une symbiose.


Bibliographie

  1. Biodiversité et évolution du monde fongique – Jean-Christophe Guéguen et David Garon
  2. Les champignons redécouverts – Fabienne Malagnac, Philippe Silar
  3. Les goûts et les couleurs du monde – Marc-André Selosse
  4. Jamais seul – Marc-André Selosse
  5. L’origine du monde – Marc-André Selosse
  6. Positive citation bias and overinterpreted results lead to misinformation on common mycorrhizal networks in forests.

Démographie ornithologique

«  Ma pov’ Raymonde, on ne voit plus de moineaux, il y en avait tant dans ma jeunesse, et je n’en vois quasiment plus aujourd’hui, c’est bien malheureux ! Avec leurs satellites et leurs insecticides, ils nous les ont tous occis! » s’exclama Ginette avec des sanglots dans la voix. A l’instar des assertions de Ginette, que n’avons nous pas lu ou entendu au sujet de la disparition imminente ou récente de telle ou telle espèce d’oiseau ! 

« Without data, you’re just another person with an opinion » écrivit en anglais (car il était américain, tout s’explique) le statisticien W. Edwards Deming ; ce qui peut se traduire en français par : «  Sans données, vous n’êtes qu’une personne de plus donnant son opinion.» Or, et c’est une bonne nouvelle, à l’heure de l’internet et des sciences participatives, il est des moyens de s’assurer de données, plus ou moins solides, pour argumenter sur l’évolution d’une population d’oiseaux d’espèce donnée, sur un territoire établi. 

La question que nous pose implicitement Ginette est la suivante : comment la population des Moineaux domestiques a-t-elle évolué en Europe ces 40 dernières années ?

Un des maîtres chargés de m’initier à la science ornithologique m’a vigoureusement mis en garde: les données disponibles avant l’an 2000 sont sans aucune valeur scientifique pour évaluer l’évolution des populations d’oiseaux (Nombre insuffisant d’observateurs, nombre et lieux de recueils aléatoires, nombreux biais, etc.); il faudra donc, pour réponde à Ginette, se contenter des données des 20 dernières années, ce qui n’est déjà pas si mal, car c’est du boulot les comptages (voir le post-scriptum en bas de page) !

Les sites internet européens qui permettront de répondre à la question sont en anglais. Néanmoins, même si on maîtrise aussi bien la langue de Shakespeare que le pilotage d’un avion Rafale, rassurons-nous, la réponse à la question nous viendra quand même, sous forme de cartes et de courbes. L’image, le long discours, tout ça… Et puis, comme je suis sympa, je traduirai la conclusion de cette recherche pour vous.

Première étape : déterminons le nom scientifique de l’oiseau que l’on projette d’étudier pour interroger cette base de données européenne qui, je le répète ne sait pas le français, mais comprend le latin (quelle époque épique !) Nous consulterons pour ce faire notre « Guide ornitho » ou, à défaut, nous irons sur le site oiseaux.net où nous taperons, fébrilement, dans la zone de recherche « Moineau domestique » (Attention, il existe de nombreuses autres espèces de Moineaux (friquet, à gorge jaune, cisalpin,  blanc, soulcie, gris, mélanure, rutilant…), ne commettons pas de bévue. La réponse nous sera donnée, sans tambours ni trompettes : « Passer domesticus » est le nom scientifique du Moineau domestique. Ça déchire grave, et ça fait savant !

Deuxième étape : connectons-nous sur le site EBBA2 (European Breeding Bird Atlas) et saisissons fièrement, en latin s’il vous plaît, « Passer domesticus » dans le champ « Search species » de la colonne de gauche. Dans cette même colonne de gauche, cliquons sur EBBA2 pour découvrir, les yeux embués par la plus intense émotion : 

  1. La population de Moineaux domestiques en Europe : voir ici
  2. L’importance de la nidification des Moineaux domestiques en Europe  Voir ici

Un peu plus bas sur la page, cliquons sur les différents menus de l’onglet « Links »

  1. EBP species info montrera l’ Evolution sur un an de la population de Moineaux domestiques : ça clignote de partout, c’est joli mais c’est peu informatif, ai-je l’outrecuidance de penser.
  2. PECBMS speechs info tracera la courbe d’évolution de la population de nos moineaux, dont nous ne retiendrons que la partie sise entre 2000 et 2021 (relire le paragraphe 3 de cet article si nécessaire), montrant une baisse très modérée de nombre de volatiles. Nous voilà presque rassurés !
  3. BirdLife European’s Red List proposera une fiche très détaillée sur le sujet  qui nous occupe : voir ici
  4. BirdLife Data Zone indiquera le niveau de la menace pesant sur l’espèce avec une échelle à 8 barreaux : Données insuffisantes (DD), Préoccupation mineure (LC), Quasi-menacée (NT), Vulnérable (VU), En danger (EN), En danger critique d’extinction (CR), Éteinte à l’état sauvage (EW), Éteinte (EX) 

Nous aurons donc appris qu’en Europe, le Moineau domestique a une aire de répartition extrêmement étendue et ne s’approche donc pas des seuils de vulnérabilité selon le critère de la taille de l’aire de répartition (étendue de l’occurrence de 10 % en dix ans ou trois générations, ou avec une structure de population spécifique). Bien que la tendance de la population semble être à la baisse, le déclin n’est pas considéré comme suffisamment rapide pour approcher les seuils de vulnérabilité selon le critère de la tendance de la population (déclin de 30 % sur dix ans ou trois générations). Pour ces raisons, l’espèce est évaluée comme étant de préoccupation mineure en Europe. Au sein de l’UE27, cette espèce a une aire de répartition extrêmement étendue et ne se rapproche donc pas des seuils de vulnérabilité selon le critère de la taille de l’aire de répartition (étendue de l’occurrence de 10 % en dix ans ou trois générations, ou avec une structure de population spécifique). La tendance de la population semble être stable, et l’espèce ne se rapproche donc pas des seuils de vulnérabilité selon le critère de la tendance de la population (déclin de 30 % sur dix ans ou trois générations). Pour ces raisons, l’espèce est évaluée comme étant de préoccupation mineure dans l’Union Européenne.

Pour répondre à l’inquiétude de Ginette, le site internet de l’Inventaire National du Patrimoine naturel est une autre ressource documentaire possible, et en français s’il vous plaît ! La requête est aisée : sur la page d’accueil du site, dans le champ de recherche, tapons «  Moineau domestique » et sélectionnons la première ligne des résultats, ce qui nous amènera à cette page, affichant de nombreuses ressources concernant notre Moineau domestique : Présentation, Portrait, Taxonomie, Statuts, Cartes, Références, Jeux de données, Habitats, Valorisation. Au bas de la page, l’information que nous recherchons est là, claire et concise : Population nicheuse de Passer domesticus : 4.100.000 – 8.200.000 couples / Stable (qualité de l’estimation : Bonne).

Nous remarquerons, un peu déçus, d’une part, que l’estimation de la population de nos moineaux est très imprécise (du simple au double) et que les chiffres ne nous donnent, comme souvent, qu’un ordre de grandeur, et d’autre part que les données datent de 2013 (il y a 10 ans) ! Le clic sur l’onglet « Valorisation » affiche un graphique dont la légende explique benoitement que les données sont insuffisantes pour réaliser un graphique !

Enfin, pour nous mettre à l’abri de toute critique de la part Ginette, nous consulterons les informations données par le site des Oiseaux de Jardin, qui présente les données recueillies par des milliers de bénévoles chaque année dans les jardins (publics et privés) de France : le Moineau domestique est à la 1re place du classement des espèces les plus abondantes dans les jardins

Il est grand temps de rassurer Ginette avec des données consolidées à défaut d’être entièrement solides ! Les Moineaux domestiques ne courent pas, en l’état actuel des connaissances, de danger d’extinction. Si les Moineaux domestiques sont rares dans son jardin, il sont peut être nombreux dans le jardin de son voisin pour des raisons d’habitat plus adapté ou de nourriture disponible. Qui sait ?

The answer my friend is blowin’ in the wind !


Rencontres inattendues en baie du Mont

© Michel Arnould

La nuit est encore bien noire. La mélodie fringante du réveil nous tire cruellement d’un profond sommeil. Il est temps de se lever, et de se préparer pour une journée fort inhabituelle : nous sommes en effet conviés à accompagner un ornithologue de renom dans la baie du Mont Saint-Michel, où la matinée sera consacrée au comptage des oiseaux d’eau dans le cadre des Wetlands International, opération coordonnée par l’ONG éponyme, qui se déroule, depuis plus de 30 ans, simultanément dans cinq régions du monde (Afrique-Eurasie, Asie-Pacifique, Caraïbes, Amérique centrale et Néotropique) à la mi-janvier. La LPO explique bien le cadre et les enjeux de ce projet de science participative.

Nous retrouvons nos guides sur la digue de la Duchesse Anne.

Premier émerveillement de la journée : tandis que caquètent les Bernaches cravant, nous regardons l’aurore éclairer le Mont Saint-Michel et sa baie. Le soleil levant semble, comme Johnny, y allumer le feu ! Ces herbus ou prés salés sont les plus grands d’Europe, ils s’étendent sur 4000 hectares, d’un seul tenant, et leur réputation est internationale : c’est en effet un site à haute valeur paysagère et écologique.

On nous a prévenus : il ne saurait être question de s’aventurer sur ces herbus sans un accompagnateur avisé, les pièges y abondent, surtout lors des grandes marées susceptibles de submerger le terrain. Pas question non plus de partir sans de bonnes bottes, bien hautes si on veut garder les pieds au sec.

Bottes, jumelles, yeux aux aguets, nous sommes parés, et partons pour une marche de 30 mn, vers notre point d’observation. Nous marchons sur le schorre, recouvert de cette végétation halophile si particulière (salicornes, spartines, plantain maritime, chiendent des vases salées, troscart maritime, atropis, lavandes de mers, armoise.). Nous comprenons bien vite que nous ne cheminerons pas en ligne droite; nous enjambons, contournons ou sautons, avec plus ou moins d’élégance ces fameuses « criches », mot local désignant les petits canaux naturellement créés sur les herbus où s’écoule préférentiellement l’eau lors de la montée et de la descente des marées. De nombreux poissons profitent de la marée montante pour venir s’y nourrir ; les criches en effet, abritent Orchestia, un petit crustacé se nourrissant de la matière en décomposition provenant essentiellement de l’Obione faux-pourpier. Orchestia est la source d’alimentation principale des poissons tels que les mulets et des gobies, ainsi que les juvéniles de bars pour lesquels cette source de nourriture contribue à 90% de la croissance de leur première année de vie. (On en apprend tous les jours !)

Des chasseurs à l’affût dans leurs gabions nous observent. Nous marchons d’un bon pas et nous les oublions. Nous n’entendrons pas un seul coup de feu. Les seuls chasseurs qui nous gêneront sont les 4 Rafale de l’armée qui nous survolerons à 2 reprises.

Première rencontre avec un petit « campagnol» dont nous ne saurons jamais s’il s’agissait d’un Rat des moissons, d’une musaraigne ou d’une des 5 espèces de campagnols vivant dans la baie (Campagnol des champs, Campagnol agreste, Campagnol souterrain, Campagnol roussâtre, ou Campagnol amphibie). Paniqué, le petit mammifère ne nous a pas laissé de carte de visite.

Deuxième rencontre, fugace : un Hibou des marais vient de passer, identifié par notre expert sur son vol et son allure, nous l’avons vu sans avoir eu le temps, enfer et damnation, d’ajuster nos jumelles pour l’admirer plus en détail. C’est la première fois que j’entraperçois un hibou !

Troisième rencontre : une nuée de plus de 500 Linottes mélodieuses nous survole à belle allure ! Quel étonnant spectacle !

C’est alors que nous faisons notre 4e étonnante rencontre : deux hardes de sangliers, une dizaine d’individus, trottinent allègrement entre nous et les oiseaux, innombrables. Les ornithologues en sont fort marris pour ne pas dire affligés, car les ongulés courent sur la plage, entrent et sortent de l’eau, et effraient, maintes fois, les milliers d’oiseaux présents sur les plages qui s’envolent et se reposent, rendant leur comptage des plus délicats !

Sous les yeux émerveillés des observateurs, cependant, par milliers, Bernaches cravant, Tadornes de Belon, Courlis cendrés, Bécasseaux variables, Bécasseaux maubèches, Barges rousses, Huîtriers pie, Bécasseaux sanderling, Pluviers argentés dansent d’improbables sarabandes et illuminent le ciel de leurs féériques ballets ! C’est un ravissement pour les yeux comme pour l’esprit !

Les oiseaux ont été comptés, les fiches ont été remplies, la mission est accomplie. Sur le chemin du retour, nous avons le plaisir de croiser un Busard des roseaux puis un Busard Saint-Martin, au vol élégant et à l’allure majestueuse (panique dans les herbiers …) Nous écoutons le chant joyeux des Alouettes des champs, qui semblent nous dire au revoir, et, avant de retirer nos bottes et ranger nos jumelles, sur la haie, derrière les voitures, des Bruants zizi achèvent la représentation de cette matinée. Rideau, le spectacle est terminé. Terminé ? Mais non, pas du tout !

Les Bruants zizi n’étaient pas les acteurs du dernier acte de cette pièce mémorable. Il nous restait à faire une autre rencontre inattendue, ultime certes, mais exceptionnelle ! Une sorte de rappel comme l’aiment les acteurs ! Au cours du déjeuner, en effet, nous apprenons que des compteurs ont rencontré des Hiboux des marais, et qu’ils en ont recensé pas moins de 13 sur le même site. Sitôt réchauffés et rassasiés, nous retournons donc, le cœur battant la chamade, à l’endroit indiqué, pour assister non pas à un spectacle mais à un festival ! Le festival des Hiboux des marais, qui passent et repassent devant jumelles et lunettes, une fois de face, une autre de profil, et je me pose au sol, je décolle, je me pose sur un piquet, je vire, je plane, je plonge, je remonte. De véritables cabotins, mais élégants et majestueux. Nous les avons observés plus d’une heure, ces hiboux des marais. Il furent le clou de la journée. Voici un film de cet oiseau, dont je ne suis pas l’auteur hélas !

Quelle belle journée !

Bibliographie

  1. Pour en savoir plus sur les habitats de la Baie du Mont Saint-Michel
  2. Les hiboux des marais
  3. Le Bruant zizi

Types d’alimentation en zoologie

Après avoir vu, dans un précédent article, les adjectifs permettant de décrire les différents habitats en zoologie, je vous propose de découvrir, aujourd’hui, comment qualifier les différents régimes alimentaires des animaux.

On dit d’un animal qu’il est  : 

  • apivore :  s’il se nourrit d’abeilles
  • carnivore : s’il se nourrit de viande
  • coprophage ou scatophage : s’il se nourrit des excréments d’autres espèces
  • détritivore : s’il se nourrit de détritus
  • endophage : s’il se nourrit des substances ou tissus de l’organisme pénétré
  • entomophage ou insectivore : s’il se nourrit d’insectes
  • euryphage : si son régime alimentaire est large et variée
  • frugivore : s’il se nourrit de fruits
  • géophage : s’il se nourrit de terre
  • granivore : s’il se nourrit de grains et de graminées
  • hématophage : s’il se nourrit du sang d’autres animaux
  • herbivore : s’il se nourrit de végétaux
  • ichtyophage ou piscivore  : s’il se nourrit de poissons
  • insectivore ou entomophage : s’il se nourrit d’insectes
  • lignivore ou xylophage : s’il se nourrit de bois 
  • limivore ou pélophage  : s’il se nourrit des matières organiques contenues dans la vase
  • mélophage : s’il se nourrit de la laine du mouton vivant
  • microphage : s’il se nourrit de proies minuscules
  • mycophage : s’il se nourrit de champignons
  • nécrophage : s’il se nourrit de cadavres
  • omnivore : s’il se nourrit d’aliments de toutes espèces, animales et végétales
  • ophiophage : s’il se nourrit de serpents
  • pélophage ou limivore : s’il se nourrit des matières organiques contenues dans la vase
  • phytophage : s’il se nourrit de matières végétales
  • piscivore ou ichtyophage : s’il se nourrit de poissons
  • planctonivore ou planctophage : s’il se nourrit de plancton 
  • rhizophage : s’il se nourrit de racines
  • saprophage : s’il se nourrit de matières végétales ou animales transformées ou en voie de décomposition
  • scatophage ou coprophage : s’il se nourrit des excréments d’autres espèces
  • vermivore : s’il se nourrit de vers
  • xylophage ou lignivore : s’il se nourrit de bois
  • zoophage : s’il se nourrit de la chair des autres animaux, vivants ou morts.

Vous avez dit biodiversité ?

Les adjectifs des habitats en zoologie

La langue française est riche et précise quand il s’agit de décrire, en un seul adjectif, différents types d’habitat en zoologie. En voici quelques exemples : 

  • Amnicole : qui vit au bord des cours d’eau.
  • Aquicole : qui vit dans l’eau
  • Arboricole : qui vit dans les arbres
  • Arénicole : qui vit dans le sable
  • Arvicole : qui vit dans les champs
  • Benthique :  qui vit au fond des espaces aquatiques (mers, lacs, océans)
  • Calcicole : qui vit en terrain calcaire
  • Cavernicole : qui vit dans l’obscurité des cavernes et des grottes
  • Cavicole : Qui vit dans les cavités ménagées ou occupées par d’autres animaux : terriers, excavations, grottes, etc
  • Dulçaquicole ou dulcicole  : Qui vit en eau douce.
  • Démersal : qui vit sur le fond des mers et des océans pour y trouver sa nourriture et remonte ponctuellement vers la surface
  • Floricole : qui vit sur les fleurs
  • Fumicole : qui vit dans le fumier
  • Herbicole : qui vit dans les herbes
  • Humicole : qui vit dans l’humus
  • Lignicole : qui vit dans les bois
  • Limicole ou vasicole : Famille de petits échassiers vivant dans des endroits humides (marais, abords des lacs et des plages, etc.)
  • Madicole : Qui vit sur une pierre située juste au niveau de la surface d’une rivière
  • Merdicole : qui vit dans les excréments
  • Monticole : Type de passereau de taille moyenne vivant dans les montagnes
  • Muscicole : qui vit dans les mousses
  • Nidicole : Se dit d’une espèce dont le petit, en naissant, est incapable de se nourrir et de se déplacer seul et de ce fait reste au nid tant qu’il est dépendant
  • Nivicole : qui vit dans les névés ou dans les glaciers
  • Orbicole : Se dit particulièrement d’une plante, éventuellement d’un animal pouvant se développer et s’adapter à n’importe quel milieu à la surface du globe
  • Paludicole : qui vit dans les marais et les étangs
  • Pélagique : qui vit proche de la surface des espaces aquatiques (mers, lacs, océans)
  • Pétricole : qui vit dans les rochers, dans les anfractuosités de roche ou creusant des trous ou galeries pour s’y loger
  • Ripicole : Se dit d’espèces animales ou végétales qui vivent ou qui se développent sur les rives immergées des eaux courantes, des étangs, des lacs
  • Saxicole ou saxatile : Qui vit parmi les roches ou les substrats rocheux
  • Sylvicole : qui vit dans les forêts 
  • Terricole : qui vit ou se développe dans la terre
  • Torrenticole : qui vit dans les torrents (poissons torrenticoles)
  • Tubicole :  qui vit dans un tube qu’il sécrète lui-même
  • Vasicole : voir limicole

Des oiseaux, des données, des cartes et des courbes

L’intérêt que l’on porte aux oiseaux commence souvent, pour ne pas dire toujours, par leur observation attentive sur le terrain, puis par leur identification. La tâche est loin d’être facile  !  

On peut ensuite s’intéresser à la vie des oiseaux : où vivent-ils ? (distribution géographique, habitat), comment vivent-ils ? (comportement, alimentation, reproduction, migration). Un ouvrage, complétant les outils d’identification, devient alors nécessaire pour accéder aux informations pertinentes comme «Le comportement des oiseaux d’Europe» publié aux éditions Salamandre.

J’aimerais signaler à l’attention de mes lecteurs trois sites fort intéressants, permettant d’analyser la distribution des populations d’oiseaux nicheurs en Europe, ses variations, ainsi que les migrations de ces oiseaux. Je n’ose imaginer la quantité de données ayant permis l’établissement des ces cartes et de ces courbes, fruit du travail de nombreux observateurs sur le terrain et d’informaticiens «qui assurent». 


1 –  EUROPEAN BREEDING BIRD ATLAS

La 1re version de l’Atlas des oiseaux nicheurs d’Europe (EBBA1), a été publiée par le Conseil européen de recensement des oiseaux (EBCC) en 1997. Cet ouvrage fut un apport considérable à l’ornithologie européenne.

Les paysages et le climat européens ont toutefois connu des changements marqués depuis les années 1980, époque à laquelle la plupart des données de l’EBBA1 ont été recueillies. Une 2e version de cet atlas a donc été décidée par l’EBCC en 2010 dans le but de fournir des informations actualisées sur la distribution et l’importance des populations des oiseaux en Europe ainsi que de documenter les changements intervenus depuis EBBA1.

Au total, 596 espèces d’oiseaux nicheurs ont été étudiées.  L’atlas propose des cartes pour savoir où elles se reproduisent, combien de couples ont été recensés et comment leur répartition a changé en 4 décennies.  De nombreuses espèces ont vu leur distribution notablement modifiée entre les deux périodes de l’atlas, ce qui a été soigneusement analysé dans EBBA2 en ne considérant que les zones ayant une intensité de couverture similaire. 

Les changements ont été évalués pour 407 espèces indigènes :

  • 87 ont connu une augmentation de leur distribution, 135 une diminution, et 85 espèces n’ont connu aucun changement ou une tendance incertaine. Les schémas de changement varient selon les régions.
  • Les deux régions les plus froides, l’Arctique et les Alpes, ont gagné le plus grand nombre d’espèces en 30 ans, tandis que la région méditerranéenne a enregistré une perte nette d’espèces.

Le site est en anglais, mais l’interrogation, très simple, peut se faire avec le nom scientifique de l’espèce, facilement retrouvée sur tous les sites, ouvrages et logiciels d’identification. Et les cartes parlent alors d’elles-mêmes !
➜ Voir les cartes : EUROPEAN BREEDING BIRD ATLAS


2 – PECBMS

L’objectif principal du programme paneuropéen de surveillance des oiseaux communs (PECBMS) est d’utiliser les oiseaux communs comme indicateurs de l’état général de la biodiversité en utilisant des données de surveillance à grande échelle et à long terme sur les changements dans les populations d’oiseaux nicheurs d’Europe. 

Ont été étudiées 168 espèces, sur 30 pays, pendant 42 ans  (1980–2021).  

Les dernières données sur les oiseaux communs européens montrent un déclin continu des oiseaux des terres agricoles européennes, tandis que les oiseaux communs des forêts sont plus ou moins stables au cours des 10 à 15 dernières années.

Le site a été mis à jour en novembre 2022 avec de nombreuses nouveautés fonctionnelles et factuelles. On apprend ainsi, que la population d’alouettes des champs (Alauda arvensis) est menacée par l’agriculture intensive. Cette espèce fait partie de celles dont les populations sont le plus en déclin en raison de la diminution des sources de nourriture et de la détérioration des possibilités de nidification pendant la saison de reproduction. 

➜ Voir les courbes, avec par exemple l’évolution des populations des oiseaux de grandes cultures  : PCEBMS


3 – EURO BIRD PORTAL

Le portail des oiseaux d’Europe  est une base de données conséquente, alimentée par 15 portails nationaux de saisie (120000 saisies quotidiennes, 45 millions d’observations annuelles), en provenance de 29 pays européens.

Sur le site internet adossé à ces données, on peut suivre le déplacement saisonnier des oiseaux en temps réel, avec une précision géographique inédite et combiner 9 types de cartes animées mêlant répartition des espèces et variables météorologiques par exemple. Au total, plus de 50 millions de combinaisons de cartes comparées sont disponibles !

Comme l’explique Faune-France « au-delà de mieux comprendre les mouvements migratoires des oiseaux à l’échelle européenne, l’EBP offre une opportunité unique de travailler sur de nouvelles thématiques en faveur de la protection des espèces et de leurs habitats : identification de sites majeurs de halte migratoire, détermination des périodes de risque accru de collision aérienne, adaptation des périodes de chasse, suivi des pandémies aviaires… »

➜ Voir les cartes  : EURO BIRD PORTAL


Après avoir admiré les oiseaux, on ne peut qu’admirer le travail des observateurs de terrain qui collectent les informations, puis le travail des informaticiens qui les mettent en forme dans des bases de données avant de développer les requêtes et le code permettant de les afficher sur les sites internet pour leur donner de la pertinence !

Quand la nature inspire la science

À la suite de la présentation, à Bretagne vivante, d’un exposé fort intéressant de quelques exemples de « biomimétisme subaquatique » , j’ai eu envie de reprendre ce qui a été exposé, et de le présenter dans cet article de blogue.


« Quand la nature inspire la science » Mat Fournier. 2016.
« Saviez-vous que le Velcro est le résultat de l’observation d’une plante « accrocheuse », la bardane ? Que la première montre réveil est due au grillon? Que la coquille Saint-Jacques est à l’origine de l’invention de la tôle ondulée? Que les yeux antireflet des mouches ont permis la création de panneaux photovoltaïques ? Que le toit de Waterloo Station, à Londres, a été bâti sur le modèle des écailles du pangolin ? Que la cigogne, la chauve-souris, le canard et même le thon ont inspiré autant de modèles d’avions ? Depuis des centaines d’années, les animaux et les plantes ont soufflé leurs idées simples et naturelles aux ingénieurs, aux architectes et aux scientifiques qui ont su les observer. »

Nous traitons donc, céans, de biomimétisme, un terme que Wikipédia expliquera, bien mieux que je ne saurais le faire : Le biomimétisme désigne un processus d’innovation et une ingénierie. Il s’inspire des formes, matières, propriétés, processus et fonctions du vivant. Il peut concerner des échelles nanométriques et biomoléculaires avec par exemple l’ADN et l’ARN, et jusqu’à des échelles macroscopiques et écosystémiques, incluant donc les services écosystémiques. Il cherche ainsi des solutions soutenables produites par la nature, sélectionnées par de nombreuses espèces, éprouvées par l’évolution au sein de la biosphère sur plus de 3,8 milliards d’années. La biomimétique est un processus créatif interdisciplinaire entre la biologie et la technique, dont le but est de résoudre des problèmes anthropocentriques par l’abstraction, le transfert et l’application de connaissances issues de modèles biologiques. Mettant au point des procédés et des organisations permettant un développement durable des sociétés, le biomimétisme et la biomimétique sont parfois confondus avec la bioinspiration, cette dernière étant un concept plus générique puisqu’elle se définit comme « une approche créative reposant sur l’observation des systèmes biologiques ». Le biomimétisme est un domaine encore émergent de la recherche et des domaines techniques, médicaux, industriels et de la bioéconomie, incluant des sous-domaines tels que la bionique, la bioassistance et l’architecture biomimétique.


4 exemples de biomimétisme nous ont été exposés au cours de cette soirée, dont l’holothurie, la moule, l’éponge de mer et la méduse furent les héros, à leur corps défendant. Rendez-vous compte !

  • Les holothuries pourraient aider à améliorer le quotidien des patients atteints de démence d’alzheimer.
  • Les moules simplifient le travail des chirurgiens
  • Des éponges de mer aident à la conception de gratte-ciel aux dessins audacieux ou à la fabrication de fibres optiques.
  • Des méduses aident les biologistes et les médecins au laboratoire.
  • Les poissons inspirent la fabrication de nouveaux types de moteurs de bateaux !

HOLOTHURIE THERAPEUTIQUE
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Les holothuries, comme d’autres échinodermes, ont la capacité de modifier rapidement et de manière réversible la rigidité de leur derme interne. Des chercheurs de la Case Western Reserve University de Cleveland ont reconstitué un tel système. Pour cela, ils ont mélangé des nanofibres de cellulose, issues d’un autre animal marin, le tunicier, à un mélange de copolymères caoutchouteux. Le matériau obtenu est rigide. Lorsqu’on l’« arrose » avec un solvant, il devient souple. Lorsque le solvant s’évapore, le matériau redevient dur.

Les auteurs de ce travail suggèrent qu’un tel matériau pourrait être utilisé dans des applications biomédicales. Par exemple, pour des implants comme des micro-électrodes cérébrales dans le traitement de maladies comme celle d’Alzheimer. Elles seraient rigides au moment de leur implantation, ce qui faciliterait leur manipulation, puis deviendraient flexibles pour mieux se « fondre » dans leur environnement. Mais tout cela n’est encore qu’expérimental.


MOULE COLLANTE
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En 2015 l’équipe du Dr Alison Butler (Université de Santa Barbara) a créé une molécule permettant de reproduire les propriétés adhésives de la moule qui sait adhérer à tous les supports en milieu aqueux, quand l’eau agit habituellement sur les colles comme un solvant, rendant ainsi impossible dans la durée l’adhérence aux matériaux. Ceci a révolutionné, en médecine, la problématique de la suture qui ne pouvait se faire qu’avec du fil ou des agrafes.

L’explication tient à la synergie entre deux familles de composés chimiques, la lysine (un acide aminé) et les catéchols. Ils interagissent en se liant l’un à l’autre : la molécule formée acquiert alors des propriétés adhésives étonnantes. Le mécanisme chimique est complexe (source). Depuis 2015, date de la publication dans le magazine scientifique « Sciences » de la découverte de cette molécule, d’autres chercheurs se sont intéressés à cette propriété adhésive en milieu humide, notamment une équipe d’ingénieurs biomédicaux qui a créé une bio-colle permettant de fermer les plaies opératoires en 60 secondes, sans agrafes ni fils, sur le cœur, le poumon ou les artères.


ÉPONGES DE MER AUDACIEUSES

Des scientifiques ont découvert que les éponges marines possèdent des propriétés structurales de rigidité mécanique et de stabilité, en dépit de leur composition intrinsèquement fragile. Un chercheur de Lucent Technologies Bell Labs indique qu’une éponge tropicale des profondeurs océaniques pourrait en apprendre beaucoup aux ingénieurs et aux architectes sur la construction de structures solides à partir de matériaux extrêmement fragiles. Découverte et présentation d’Euplecella aspergillum qui pourrait permettre de construire des gratte-ciel

L’éponge Monorhaphis chuni, découverte à la fin du XIXe siècle à plus de 1 500 mètres de profondeur sur les fonds marins de l’Est de l’Afrique, fabrique un spicule de quelques millimètres de diamètre pouvant atteindre 3 mètres de longueur grâce à laquelle elle peut s’ancrer sur les fonds sableux. Cette fibre est constituée de couches de silice concentriques qui se déposent autour d’une trame protéique extrêmement fine. Cette structure possède de remarquables propriétés mécaniques assurant à la fois résistance et flexibilité hors du commun ainsi qu’une transparence bien supérieure à nos meilleures fibres optiques utilisées dans les télécommunications. Une autre caractéristique de cette espèce d’éponge : elle peut vivre jusqu’à plus de 11000 ans ! cette longévité exceptionnelle conférerait à ces éponges le statut « d’archives paléoclimatiques » selon certains chercheurs. Nous avons beaucoup à apprendre d’autres éponges qui, avec un minimum de matière et à une température généralement comprise entre 0 à 30 °C fabriquent un verre doté d’une résistance mécanique très élevée tout en gardant une exceptionnelle flexibilité. source


MÉDUSES BRILLANTES
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De nombreux organismes vivants sont bioluminescents, c’est-à-dire capables d’émettre de la lumière (bactéries, champignons, vers, crustacés marins, champignons, plancton, poissons, calmars, méduses, …). la lumière émise repose sur la présence, dans les organismes bioluminescents, de deux molécules solubles dans l’eau : 1. une enzyme, la luciférase, et 2. son substrat, la luciférine. En présence d’oxygène, la complexe luciférine + luciférase émet de la lumière.

Les recherches sur la bioluminescence de la méduse ont conduit а l’identification de deux protéines d’intérêt majeur au plan scientifique. La première, l’aéquorine, est une luciférase qui tire son nom de la méduse dont on l’a extraite, Aequorea victoria. L’aéquorine se lie à « sa » luciférine (appelée dans ce cas la coelanthérazine) en présence d’oxygène mais aucune lumière n’est émise sauf en présence d’ions calcium. D’autres enzymes fonctionnant comme l’aéquorine ont été découvertes et constituent la famille des photoprotéines. Les biologistes cellulaires les utilisent pour étudier les activités cellulaires liées au calcium. Contrairement а ce qui se passe dans un tube а essai oщ l’aéquorine activée émet une lumière bleue, in vivo, dans la méduse, la lumière émise est verte. C’est le chimiste et biologiste japonais Osamu Shimomura (1928-) qui en découvrit la cause en 1969. En fait, cette méduse contient une autre protéine que Simomura isola et nomma  GFP pour « green fluorescent protein ». Elle absorbe par transfert d’énergie  l’énergie émise par l’aéquorine et émet alors en vert. Ses découvertes ont révolutionné la biologie et ont valu а Shimomura, Martin Chalfie et Roger Tsien le prix Nobel de chimie en 2008 pour leurs travaux sur la GFP et leurs très nombreuses applications. La GFP estutilisée pour visualiser а l’aide d’un microscope à fluorescence de nombreux phénomènes biologiques dans l’organisme de manière non invasive et en temps réel. Les applications en biologie et en médecine sont très nombreuses !  


POISSONS A MOTEUR
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Les ingénieurs de la société FinX se sont inspirés des mouvements des nageoires des poissons pour inventer un nouveau type de moteur de bateau sans hélice, propre, silencieux et surtout performant. Les premiers essais en laboratoire indiquent une économie d’énergie de 30% par rapport aux autres solutions du marché. 

Comme disait Pierre Desproges : « Etonnant, non ? »

Les oiseaux des jardins bretons

Après un an de travail, les équipes de Bretagne Vivante et du Géoca sont fières de vous présenter le site dédié aux résultats des comptages des oiseaux des jardins en Bretagne.

Cette plateforme, financée par l’Observatoire régional de l’avifaune (ORA), rassemble plus de 10 ans de données collectées grâce à vous, les milliers de participants de cette opération de science participative ! 

Le site vous permet de : 

  • Connaître en un coup d’oeil les résultats du comptage de l’année.
  • Visualiser les données régionales et départementales de la participation.
  • Connaître les résultats à l’échelle de votre commune.
  • Obtenir les bilans annuels des derniers comptages.
  • Visualiser les tendances évolutives d’une espèce ou de toutes les espèces confondues.
  • Découvrir les fiches espèces des oiseaux des jardins.

Espèces exotiques envahissantes

De récentes lectures m’ont fait appréhender une des conséquences néfastes de la mondialisation sur la biodiversité : les espèces exotiques envahissantes. Ces espèces peuvent être animales ou végétales.

Voir cet article : Quelle est la pire des menaces qui pèse sur la biodiversité ?

Qu’est-ce qu’une espèce exotique envahissante ?
Une espèce exotique envahissante (EEE) est une espèce introduite par l’homme volontairement ou involontairement sur un territoire hors de son aire de répartition naturelle, et qui menace les écosystèmes, les habitats naturels ou les espèces locales.  
Toutes les espèces introduites ne sont pas envahissantes, schématiquement 1 espèce sur 1000 le devient.


Quatre étapes décrivent le processus invasif :

  1. L’introduction : une espèce arrive sur un territoire dont elle n’est pas originaire
  2. L’acclimatation : l’espèce survit sur son nouveau territoire
  3. La naturalisation : l’espèce se reproduit sur son nouveau territoire
  4. L’expansion : l’espèce colonise ce territoire et s’étend, au détriment d’espèces locales qu’elle va supplanter voire totalement éradiquer.

Ces étapes peuvent se dérouler sur un temps assez long, l’espèce restant « discrète » pendant une période donnée, puis connaître une phase rapide d’expansion à la faveur de modifications diverses (climat, ressources, etc.).
source


En Bretagne, la récente conférence d’un expert de FREDON, nous a appris que 6 espèces végétales exotiques peuvent être considérées comme envahissantes :

  1. Le séneçon en arbre (Baccharis halimifolia) : son pollen peut entraîner des symptômes allergiques (en septembre-octobre) et notamment une aggravation du rhume des foins. Le Réseau National de Surveillance Aérobiologique a classé son pollen dans la catégorie « modéré » ce qui signifie que cette espèce ne doit pas être présente en trop grand nombre. Par ailleurs, Baccharis halimifolia augmente le risque d’incendie dans les friches car c’est un bon combustible. En effet, ses feuilles et son bois sécrètent une résine facilement inflammable.
  2. La berce du Caucase (Heracleum mantegazzianum) : La berce du Caucase comporte un risque sanitaire grave. En effet, sa sève contient des substances photosensibles (appelées furanocoumarines) qui, quand elles entrent en contact avec la peau et que la personne atteinte s’expose au soleil, provoquent des brûlures pouvant être très conséquentes (jusqu’au troisième degré).
  3. Le datura stramoine (Datura stramonium) : Le datura stramoine pose d’importants problèmes sanitaires, car chaque partie de la plante (tige, feuille, fruit, graines, racine) est toxique. Poussant dans les cultures, il peut induire une baisse des rendements ainsi qu’une contamination des récoltes. Une fois ingéré, il peut provoquer une confusion mentale, des effets hallucinogènes, des amnésies… Les doses létales chez l’enfant de 2 à 5 g de graines et une dose létale chez l’adulte de 10 à 12 g de graines (1g ≈ 100 graines).
  4. Le raisin d’Amérique (Phytolacca americanum) : La plante est intégralement toxique. A partir d’une tasse d’infusion des feuilles ou de 10 baies ingérées (pour un adulte) les premiers symptômes apparaissent (diarrhée aiguë, vomissements, douleurs abdominales, tachycardie, vertiges).
    Sa toxicité est avérée pour les bovins, les porcs, les chevaux, les moutons, certains mollusques et certaines volailles (dinde notamment). Des cas d’empoisonnement ont été recensés pour des chevaux en forêt de Fontainebleau conduisant à la mort des animaux. Le pâturage est donc à proscrire comme moyen de gestion du phytolaque.
  5. Les grandes renouées asiatiques : Ces plantes sont une menace pour la faune et la flore. Il est très difficile de lutter contre elles et finissent par fermer le milieu et recouvrir intégralement des zones entières : la flore initialement présente, riche de sa diversité, disparait sous l’effet de l’ombrage créé. Les grandes renouées asiatiques sont des compétitrices redoutables notamment grâce à leurs propriétés allélopathiques : elles sont capables de produire des composés chimiques toxiques qui gardent à distance toutes les autres plantes et donc les animaux associés.  Il existe quatre renouées asiatiques invasives identifiées par le Conservatoire Botanique Nationale de Brest.
    1. La renouée du Japon (Reynoutria japonica)
    2. La renouée de Sakhaline (Reynoutria sachalinensis)
    3. La renouée de Bohême (Reynoutria bohemica) qui est un croisement des deux premières 
    4. La renouée à nombreux épis Polygonum polystachyum)
  6. L’ambroisie à feuilles d’armoise (Ambrosia artemisiifolia) : Son pollen, responsable de nombreuses allergies respiratoires, pose un sérieux problème de santé publique.

S’agissant de la faune, de récentes lectures, m’ont fait découvrir quelques espèces exotiques envahissantes dans le règne animal. Il en est bien d’autres que celles que je cite.

  1. Le frelon asiatique : (Vespa velutina) :  Vespa velutina capture des abeilles domestiques (38,1 %), des mouches (29,9 %) et des guêpes sociales (19,7 %), ainsi qu’un large spectre d’autres arthropodes (au moins 159 espèces). Les proies varient également selon l’environnement du nid : les colonies urbaines chassent plus d’abeilles domestiques, tandis que les forestières attaquent davantage de guêpes sociales. Vespa velutina est un prédateur généraliste et opportuniste qui cible surtout les proies localement abondantes. Son impact sur la plupart des espèces sauvages resterait donc limité. source. Un apiculteur breton a inventé un piège à frelons asiatiques, tellement sélectif et efficace, qu’il a gagné une médaille d’or au Concours Lépine 2022.
  2. La fourmi électrique (Wasmannia auropunctata) :  C’est une espèce de fourmis invasives pouvant former des supercolonies, grâce à un mode de reproduction très particulier. (sexué et par clonage !).  Originaire de l’Amérique du sud, elle se trouve aujourd’hui sur la majorité des continents. Elle a été observé à Toulon en 2006. Sa piqûre est très douloureuse et elle menace la biodiversité. Cette espèce de fourmis est considérée comme l’une des plus envahissantes au monde. Et elle a été récemment placée sur la liste des espèces préoccupantes pour l’Union européenne. Parce que ses impacts écologiques et économiques sont majeurs.  source
  3. Humbertium covidum  : La science participative a permis de découvrir un ver plat déjà présent en Europe. Aperçu dans les Pyrennées-Atlantique et en Italie, Humbertium covidum est une nouvelle espèce exotique invasive dont les caractéristiques du génome ont pu être différenciées grâce aux techniques modernes de la biologie moléculaire. Cette découverte est une nouvelle illustration du phénomène moderne de mondialisation… Depuis une dizaine d’années, nous savons que d’autres vers plats ont envahi les jardins de France :  le ver plat de Nouvelle-Guinée (Platydemus manokwari), les vers géants à tête en forme de marteau (surtout Bipalium kewense) et le bizarrement nommé Obama nungara, qui, à lui tout seul a envahi plus de 70 départements métropolitains. Source

Le CENTRE DE RESSOURCES ESPÈCES EXOTIQUES ENVAHISSANTES permettra aux lecteurs curieux d’en apprendre davantage sur les espèces exotiques envahissantes, nombreuses, végétales et animales qui menacent la biodiversité. 

Etonnements naturalistes

Bizarre ? Vous avez dit bizarre ? La nature dans son incommensurable diversité, réserve bien des surprises et suscite bien des étonnements. Je vous propose de découvrir ou redécouvrir quelques faits étonnants.

L’ACCOUCHEMENT DES HIPPOCAMPES MÂLES
Les Hippocampes (Hippocampus) sont un genre de poissons à nageoires rayonnées de la famille des Syngnathidae. Une cinquantaine d’espèces se répartissent dans les eaux tempérées et tropicales partout dans le monde. Leur reproduction est tout à fait étonnante. C’est en effet un des rares poissons à s’accoupler. Après la parade nuptiale, la femelle dépose ses ovocytes au fond de la poche ventrale du mâle grâce à un appendice abdominal appelé ovipositeur. La fécondation a lieu au sein du système génital masculin et l’incubation, de 3 à 4 semaines environ, se déroule donc dans le corps du mâle. Le mâle hippocampe donne naissance à plusieurs centaines de petits hippocampes, qui  s’accrochent aux algues en groupes grâce à leur queue préhensile. Bien peu survivront, environ 1‰. Vidéo


LA REPRODUCTION PROTOGYNIQUE DE CERTAINES GIRELLES
L’article de Wikipédia, explique le sujet à la perfection  : La girelle est le nom vernaculaire donné à certains poissons osseux de petite taille de la famille des Labridae. Ils sont inclus dans le groupe des Acanthoptères. De forme élégante, aux couleurs vives et brillantes, ils sont abondants dans les mers chaudes, communs en Méditerranée et entrent notamment dans la préparation de la bouillabaisse. Comme le mérou, la girelle peut changer de sexe, une fois au cours de sa vie, de femelle à mâle. On parle alors d’un mode de reproduction protogynique, ou d’hermaphrodisme séquentiel. Ce changement de sexe se fait lorsqu’il n’y a plus de mâle dominant. Pendant la phase de mutation, qui peut durer plusieurs semaines, la girelle semble très affaiblie, elle perd de sa vivacité, se montre peu et peut même rester enfouie plusieurs jours. Elle se nourrit moins, voire pas du tout, et sa peau perd de son éclat. Vidéo


LA POLLINISATION SOUS-MARINE PAR L’IDOTEE
Un petit crustacé bouleverse l’histoire de la pollinisation. Une équipe française, de la station biologique de Roscoff vient de montrer que l’idotée assure la fertilisation des gracilaires, des algues rouges apparues des centaines de millions d’années avant les plantes à fleurs.  En se déplaçant parmi les algues pour se nourrir, les idotées disséminent les cellules reproductrices mâles d’une algue à l’autre. Ces résultats suggèrent que les interactions de pollinisation animaux/végétaux seraient bien plus anciennes que nous le pensions. Cet article du CNRS nous explique tout ! Il y a même une vidéo sur le sujet 


LES ODONATES : PREDATEURS SUBAQUATIQUES D’ABORD, AÉRIENS ENSUITE.
Les odonates (Odonata) sont un ordre d’insectes à corps allongé, dotés de deux paires d’ailes membraneuses généralement transparentes, et dont les yeux composés et généralement volumineux leur permettent de chasser efficacement leurs proies. Ils sont aquatiques à l’état larvaire (parfois plusieurs années), et terrestres à l’état adulte (quelques semaines). Ce sont de redoutables prédateurs, d’abord subaquatiques puis aériens. On peut rencontrer occasionnellement dans tout type de milieu naturel, mais ils se retrouvent plus fréquemment aux abords des zones d’eau douce à saumâtre, stagnante à courante, dont ils ont besoin pour se reproduire. On les connait sous le nom de libellules ou de demoiselles. Vidéo


ILS BRILLENT LA NUIT
L’article de Wikipédia explique parfaitement ce qu’est la bioluminescence. La bioluminescence est la production et l’émission de lumière par un organisme vivant via une réaction chimique au cours de laquelle l’énergie chimique est convertie en énergie lumineuse. Le phénomène de la bioluminescence est un cas particulier de chimioluminescence. Il s’accomplit au cours d’une réaction chimique d’oxydation. Chaque être vivant produit de la lumière de manière différente, mais ils suivent tous une trame commune : l’oxydation de composés organiques induit une émission de photons. Vidéo
Les animaux capables de bioluminescence le font avec 5 objectifs possibles : camouflage, attraction, répulsion, communication, éclairage. On connaît notamment les « vers » luisants et les lucioles, La luminescence n’est pas la seule affaire des « vies » luisants ou des lucioles, elle est aussi observée chez 90 % des espèces peuplant les profondeurs abyssales, sur certains organismes vivant dans des grottes et dans une multitude de bactéries. Des chercheurs ont identifié 180 espèces de poissons capables d’émettre une lumière fluorescente, montrant ainsi que le phénomène était plus répandu que l’on pouvait le supposer.  

L’Homme, a la recherche de sources d’énergie nouvelles, tente de copier les capacités des animaux bioluminescence, notamment pour éclairer l’espace public. Vidéo

1er atlas des cartes de l’anthropocène

L’information vient de tomber : l’IGN publie, en septembre 2022, son 1er atlas des cartes de l’anthropocène. Les randonneurs sont habitués aux cartes IGN, qu’elles soient dans leurs sac à dosen format papier, mais aussi et surtout, dans leur GPS ou leur téléphones, en format électronique. Que diable sont donc ces cartes de l’anthropocène, et quelles informations nous apportent-elles ?

L’anthropocène
Qu’est-ce donc que l’anthropocène, me demanderez-vous, cher lecteur ? 
Comme à l’accoutumée, Wikipédia répondra avec aisance à cette pertinente question :  L’Anthropocène est une proposition d’époque géologique qui aurait débuté quand l’influence de l’être humain sur la géologie et les écosystèmes est devenue significative à l’échelle de l’histoire de la Terre.
Le terme Anthropocène, qui signifie « l’Ère de l’humain », a été popularisé à la fin du xxe siècle par le météorologue et chimiste de l’atmosphère Paul Josef Crutzen, prix Nobel de chimie en 1995 et par Eugene Stoermer, biologiste, pour désigner une nouvelle époque géologique, qui aurait débuté selon eux à la fin du xviiie siècle avec la révolution industrielle, et succéderait ainsi à l’Holocène. L’Anthropocène est toujours discuté par la communauté scientifique géologique – spécifiquement au sein de la commission internationale de stratigraphie (ICS) de l’Union internationale des sciences géologiques (UISG) – qui détermine les subdivisions de l’échelle des temps géologiques. Ce concept est de plus en plus utilisé dans les médias et la littérature scientifique et a provoqué de nombreux débats et recherches dans différents champs scientifiques

Le contexte
Comme nous l’explique le site de l’IGN, l’été 2022 a été marqué par l’intensité et la succession de records de chaleur, sécheresse, méga-feux de forêts, inondations et épisodes de vent violents. Face à ces bouleversements, l’IGN, dans sa mission d’appui aux politiques publiques, s’est engagé en 2021 à développer une capacité d’observation en continu. L’enjeu : produire des cartes thématiques sur un nombre limité d’enjeux écologiques majeurs qui rendent compte des changements rapides du territoire et des conséquences sur l’environnement. La carte, sous toutes ses formes, est un extraordinaire outil de médiation et de compréhension du monde. 

Les cartes de l’anthropocène permettront ainsi d’établir des diagnostics partagés et d’offrir des outils mobilisables par les acteurs pour parler un langage commun et relever les défis environnementaux. Par ce premier Atlas, qui a vocation à devenir un rendez-vous annuel, l’IGN présente ses cartes de l’anthropocène et décrit les enjeux technologiques pour les produire et cartographier les changements.

L’atlas de l’IGN
La première partie de cet Atlas présente 5 grandes thématiques : 

  1. l’évolution de l’artificialisation des sols 
  2. le suivi de l’état des forêts
  3. l’observation de l’érosion des reliefs et en particulier du trait de côte
  4. la cartographie prédictive des zones de biodiversité à protéger
  5. les épisodes naturels extrêmes où l’Institut peut jouer un rôle de vigie

La seconde partie de l’Atlas met en lumière les défis technologiques actuels et à venir qu’implique pour l’IGN l’observation en continu du territoire. Pour surveiller de façon plus fréquente l’évolution du territoire, pour obtenir des cartes dynamiques qui répondent aux nouveaux besoins de pilotage des politiques publiques, l’IGN investit pour réussir des virages technologiques majeurs dans l’acquisition, le traitement et la restitution des données (intelligence artificielle, LiDAR HD, croisement des sources, informatique en nuage, géovisualisation, jumeaux numériques…). L’Institut met en place un plan de recrutement et de formation inédit de 150 compétences nouvelles, en s’appuyant notamment sur son école d’ingénieurs l’ENSG-géomatique.


Le fichier
En téléchargement, cet atlas fait 9 Mo.
Un document étonnant, passionnant, et un zeste inquiétant !

 

Impacts de l’agriculture sur la biodiversité et les écosystèmes

Le 19 septembre 2022, TEYSSEDRE Anne, Docteure en Biologie évolutive, auteure et médiatrice scientifique interdisciplinaire a publié, sur le site de l’Encyclopédie de l’environnement, un très intéressant article, dont elle propose de retenir 11 messages :

  • Depuis le Néolithique, l’expansion et l’intensification de l’agriculture ont réduit d’environ un tiers la biomasse végétale des habitats terrestres, et de 10% leur productivité primaire (biomasse végétale produite par unité de surface et de temps).
  • La transformation des habitats pour l’agriculture réduit l’abondance et modifie la composition des communautés d’espèces sauvages : la proportion d’espèces généralistes augmente avec la perturbation des habitats.
  • Par ses effets directs et indirects, l’élevage exerce un fort impact sur la biodiversité et les écosystèmes. Ainsi, seuls 3% en biomasse des mammifères sont aujourd’hui sauvages.
  • Dans un agrosystème, la diversité des interactions entre espèces diminue avec l’intensité croissante des pratiques agricoles.
  • La résistance des agrosystèmes aux perturbations augmente avec la diversité et l’ancienneté des interactions entre espèces et diminue avec l’intensité des pratiques agricoles.
  • Le bouleversement massif d’écosystèmes par et pour l’agriculture entrave leur fonctionnement et leur productivité à moyen terme, au détriment des sociétés humaines et de nombreuses espèces.
  • Le défi agricole du 21e siècle est immense : atteindre une agriculture durable, de production suffisante, tout en préservant la biodiversité et en atténuant le changement climatique.